sam轉(zhuǎn)bam運(yùn)行samtools view -@ 16 -b XXX.sam >xxx.bam后報(bào)錯(cuò)[W::sam_read1] parse error at line 1...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：山西
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避坑 sam轉(zhuǎn)bam
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heatmap由于有太多NA無法聚類原因和解決方法有的時(shí)候數(shù)據(jù)中有NA哪审，可以聚類出來乞旦，但是有的時(shí)候就會(huì)報(bào)一個(gè)這樣的錯(cuò)誤：“Error in hclustfun(distfun(x)) : NA/NaN/Inf in fore...
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菜??日記-轉(zhuǎn)錄組edgeR分析差異基因及案例演示菜??的第一次正式上手R震捣，相當(dāng)于翻譯了 edgeR 這個(gè)包的 UserGuide勤篮，跑了第一個(gè) case眼看寫了這么多字吐咳，還是發(fā)一下比較好蝠筑，萬一有人看呢 edgeR簡(jiǎn)介 edge...
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找 illumina 接頭序列1.https://support.illumina.com.cn/downloads/illumina-adapter-sequences-document-1000000...
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高通量測(cè)序中的接頭（adapter）到底是什么主要參考 祝讓飛 的文章及 Tufts 網(wǎng)站中的信息唉工，特此致謝求妹。 首先放一張測(cè)序示意圖乏盐，在DNA片段兩端所加的序列即接頭序列，也就是我們今天要講述的主角制恍。 1 基本概念 1....
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HISAT2 Bowtie2 提取唯一比對(duì) unique mapping reads
把read比對(duì)到基因組之后父能，需要提取唯一比對(duì)來進(jìn)行下一步分析。 bowtie2和HISAT2 都沒有只輸出唯一比對(duì)的命令净神，所以需要對(duì)比對(duì)結(jié)果sam文件進(jìn)行提取何吝，可以通過sam...
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R可視化：使用R的circlize包繪制樣本-物種豐度關(guān)聯(lián)弦狀圖R作圖-使用circlize繪制樣本物種豐度關(guān)聯(lián)弦狀圖 circlize圖也即是弦圖能較好展示樣本物種豐度關(guān)聯(lián)關(guān)系溉委，先前從lyao222lll博客下載過該教程，但是最近劉老師...
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R語言circlize包畫一幅好看的弦圖~完整示例數(shù)據(jù)和代碼前些天在網(wǎng)上看到的代碼爱榕，他最終的出圖如下 這份教程的鏈接地址是 https://www.royfrancis.com/beautiful-circos-plots-in-r/...
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文獻(xiàn)精讀-24nt-siRNA介導(dǎo)的DNA甲基化（RdDM）不定期更新Author: Marijori A. Matzke and Rebecca A. MosherJournal: Nature Review Geneticsdoi: 10....
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在線RNA-seq可視化網(wǎng)站-目前見過最流弊的（多圖慎點(diǎn)）先丟鏈接http://bioinformatics.sdstate.edu/idep/ 能做什么瓣喊？可視化見過最全的的在線RNA-seq分析，把這些分析完黔酥，你的數(shù)據(jù)基本也就挖掘...
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六. 基因表達(dá)相關(guān)性分析與作圖（R語言“corrplot”包）一. 簡(jiǎn)介 corrplot包是一個(gè)畫相關(guān)系數(shù)圖的包藻三，可以用來對(duì)基因的表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，分析不同基因間表達(dá)的相關(guān)性跪者。 二. 實(shí)例 1. 數(shù)據(jù)格式 2. R代碼 3. 圖片輸出
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有了TPM棵帽，怎么做基因表達(dá)分析、相關(guān)性分析和主成分分析TPM是RNAseq測(cè)序結(jié)果里很好的歸一化表達(dá)矩陣渣玲，以前都是FPKM岖寞，但目前TPM才是主流，很多測(cè)序公司也開始用TPM作為基因定量單位進(jìn)行分析了柜蜈，基因表達(dá)分布仗谆、相關(guān)性系數(shù)和主...
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R學(xué)習(xí)-hist與ggplot練習(xí)題-2018-12-04調(diào)查所在班級(jí)同學(xué)身高情況，并使用excel表記錄具體如下： 1淑履，將excel數(shù)據(jù)表轉(zhuǎn)換成csv格式隶垮，并將文件數(shù)據(jù)讀取到R軟件中；2秘噪，將excel表中的數(shù)據(jù)復(fù)制到txt中狸吞，并將...
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RNA-seq的counts值，RPM, RPKM, FPKM, TPM 的異同
RNA-seq的counts值指煎，RPM, RPKM, FPKM, TPM 的異同 現(xiàn)在常用的基因定量方法包括：RPM, RPKM, FPKM, TPM蹋偏。這些表達(dá)量的主要區(qū)別是...
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kaks計(jì)算簡(jiǎn)介 簡(jiǎn)單多線程快速計(jì)算同源基因?qū)aks 依賴工具 ParaAT2.0 KaKs_Calculator2.0 ParaAT 使用說明 計(jì)算 kaks 繪制 kaks 條形圖...
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KaKs_Calculator2.0+ParaAT計(jì)算兩個(gè)物種間的Ka/Ks
1.軟件安裝 ?KaKs_Calculator2.0?ParaATKaKs_Calculator2.0[https://sourceforge.net/projects/ka...
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Cytoscape + STRING + cytoHubba 聯(lián)合使用尋找hub基因今天是不用學(xué)代碼利用生信軟件聯(lián)合“點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)”就可以取得hub基因的“白癡”實(shí)操，趕快點(diǎn)起來～ Hub基因（關(guān)鍵基因）是在生物學(xué)過程中發(fā)揮重要作用的基因至壤，它往往在通路中為主導(dǎo)地位...
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PPI | 一鍵預(yù)測(cè)基因/蛋白互作網(wǎng)絡(luò)三年過去威始，我們更新了至少300個(gè)版本，盡管現(xiàn)在標(biāo)簽只是 TBtools v1.110像街。今天除夕黎棠，給大伙送一個(gè)新春大禮包，TBtools 主程序新功能镰绎，「PPI Predict...
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「miRNA系列」植物如何進(jìn)行miRNA靶基因預(yù)測(cè)本科時(shí)便接觸過miRNA脓斩，那個(gè)時(shí)候還查過一些關(guān)于miRNA相關(guān)的內(nèi)容，準(zhǔn)備在一個(gè)學(xué)習(xí)小組中講講畴栖，可惜的是随静，當(dāng)時(shí)的自己也沒有搞懂。而最近一次的miRNA-seq數(shù)據(jù)分析吗讶，終于讓...
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如何將WGCNA導(dǎo)出的基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行可視化（cytoscape軟件的使用）WGCNA分析過程中燎猛，你可以得到edge和node的文件叼丑，里面有你某一個(gè)module里所有基因相互之間的connectivity的weight值，根據(jù)這些值你可以將它們之間的...