發(fā)簡(jiǎn)信
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單細(xì)胞｜GeneTrajectory·基因軌跡跑完了，記錄一下履肃，順便寫(xiě)寫(xiě)我在使用中遇到的問(wèn)題亏拉，歡迎討論～聲明：我是用自己數(shù)據(jù)跑的扣蜻，因?yàn)檫€未發(fā)表所以就還是借用官網(wǎng)的圖啦～ 1.準(zhǔn)備 2.加載數(shù)...
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單細(xì)胞｜RNA速率下游 · Dynamo數(shù)據(jù)集：cellDancer文件 PancreaticEndocrinogenesis_cellDancer_estimation.csv[ht...
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單細(xì)胞 | RNA速率 · cellDancer1.安裝 2.準(zhǔn)備數(shù)據(jù)，跟scVelo處理數(shù)據(jù)步驟相同及塘，詳見(jiàn)：?jiǎn)渭?xì)胞 | RNA速率 · scVelo - 簡(jiǎn)書(shū) (jianshu.com)[h...
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單細(xì)胞 | RNA速率 · scVelo1.準(zhǔn)備數(shù)據(jù)：從seurat對(duì)象中提取metadata（R中運(yùn)行） 下面都在python中運(yùn)行莽使，根據(jù)一致的barcode，整合loom文件和me...
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單細(xì)胞 | pySCENIC·轉(zhuǎn)錄因子分析（二）接上一篇笙僚，pySCENIC分析完之后就可以進(jìn)行可視化[https://so.csdn.net/so/search?q=%E5%8F%AF%E8%...
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單細(xì)胞 | pySCENIC·轉(zhuǎn)錄因子分析（一）SCENIC (Single-Cell rRegulatory Network Inference and Clustering）是一種能夠從單...
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單細(xì)胞RNA速率提出研究背景：測(cè)序數(shù)據(jù)中存在未剪接mRNA 基于SMART-seq2芳肌、inDrop 和 10x Genomics Chromium的測(cè)序方案，發(fā)現(xiàn) ...
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單細(xì)胞RNA速率（一）| cellDancercellDancer：一種基于模型的深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)（DNN）框架 已知：mRNA的轉(zhuǎn)錄動(dòng)力學(xué)由轉(zhuǎn)錄速率（α）味咳、剪接速率（β）和降解速率（γ）決定庇勃，...
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CytoTRACE | 推斷擬時(shí)序起點(diǎn)R包下載網(wǎng)站：https://cytotrace.stanford.edu/CytoTRACE_0.3.3.tar.gz[https://cyt...