IP屬地：天津
-
BSA分析（八）——OcBSA背景 雙親高度雜合（親本由多個單體型構(gòu)成）的分離群體利用常規(guī)的BSA分析方法往往結(jié)果并不理想黎茎，因為在混池中有多等位基因的干擾囊颅。OcBSA就通過解...
-
BSA分析（七）——DeepBSA本篇內(nèi)容根據(jù)官方說明文檔撰寫，軟件操作十分簡單傅瞻，所以內(nèi)容不再特別詳細的介紹踢代。 DeepBSA是一種用于解析復(fù)雜性狀的創(chuàng)新Bulked Segre...
-
vcf文件過濾親本純合且差異位點
了解過vcf文件的格式之后，對親本純合且差異的位點進行過濾就變得簡單多了嗅骄。如果格式規(guī)范的話一行awk命令其實就能解決胳挎。這里為了提高腳本的適用范圍...
-
BSA分析（六）——QTLseqr包前言 我在猶豫是否補充一篇怎樣拆分染色體進行比對和變異檢測（主要是為了提高比對和變異檢測效率）的帖子。開始沒有規(guī)劃這篇內(nèi)容的原因有兩點：一是內(nèi)容...
-
染色體拆分VCF文件合并
本篇帖子的分享內(nèi)容主要也是和前面大基因組拆分相呼應(yīng)的溺森，利用前面拆分的基因組文件慕爬，對變異檢測結(jié)果文件中拆分的染色體部分進行合并，并輸出最終結(jié)果屏积。 ...
-
BSA分析（五）——變異檢測及樣本合并
本文中vcf文件的獲取主要是使用gatk的HaplotypeCaller模塊医窿，該模塊的原理大概如下： 定義active regions 沿著參考...
-
大基因組染色體拆分
腳本使用方法及參數(shù)介紹 腳本內(nèi)容如下 拆分結(jié)果
-
BSA分析（四）——序列比對及比對信息統(tǒng)計
拿到質(zhì)控后的數(shù)據(jù)就可以開始進行數(shù)據(jù)的比對了。（這里復(fù)習一下）需要確定好參考基因組炊林，參考基因組選擇標準：質(zhì)量高留搔、完整、和某一親本相近（是親本之一的...
-
BSA分析（三）——測序數(shù)據(jù)的質(zhì)控關(guān)鍵詞：BSA分析铛铁，測序數(shù)據(jù)質(zhì)控隔显，F(xiàn)astQC，Trimmomatic饵逐，去接頭序列 數(shù)據(jù)格式 一定要先搞清楚數(shù)據(jù)的格式括眠，才能進行進一步的數(shù)據(jù)整理...