生信開荒牛 - 簡書

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復(fù)現(xiàn)一篇WGCNA文章（含代碼）（五）
前面我們已經(jīng)拿到了差異表達(dá)基因以及WGCNA與腫瘤最相關(guān)的兩個模塊里的基因甘畅，下面我們就從這些基因中找到文章標(biāo)題中的那3個關(guān)鍵基因：AURKA, ...

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復(fù)現(xiàn)一篇WGCNA文章（含代碼）（四）
接下來是對WGCNA分析的yellow模塊和turquoise模塊里的基因分別做GO和KEGG富集分析；文章中是用R包c(diǎn)lusterprofi...

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復(fù)現(xiàn)一篇WGCNA文章（含代碼）（三）
找完差異基因后实夹，現(xiàn)在開始這篇文章的WGCNA分析橄浓，這個分析最主要的是要得到與表型相關(guān)的基因；先看看文章中怎么做的：首先對數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾：過濾后...

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復(fù)現(xiàn)一篇WGCNA文章（含代碼）（二）
前面我們處理了表達(dá)矩陣以及臨床信息亮航，下面開始做差異分析荸实；首先，我們看一下文章里是怎么做的：這里讓我比較疑惑的是取|logFC|>1的話缴淋，并不...

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復(fù)現(xiàn)一篇WGCNA文章（含代碼）（一）
文章 AURKA, TOP2A and MELK are the key genes identified by WGCNA for the p...

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【Python生信編程筆記】讀取文件
在Python中准给，讀取文件分為三個步驟: 一、打開文件：open 文件句柄不是文件重抖，而是對文件的說明露氮。二、讀取文件：有幾個方法來讀取文件钟沛。 r...

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【Python生信編程筆記】if畔规、for以及while語句小例子
前面我們學(xué)習(xí)了數(shù)據(jù)類型以及if、for和while語句恨统，下面叁扫，我們用剛剛學(xué)到的知識來編程序: 一、估計蛋白質(zhì)的凈電荷在固定的pH值下畜埋，可以計算...

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【Python生信編程筆記】while循環(huán)
有一條指令使while條件為假是非常重要的莫绣，否則，我們就會進(jìn)入一個無限循環(huán)悠鞍。退出while循環(huán)的一種方法是使用break对室。 Break用于脫離...

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【Python生信編程筆記】for循環(huán)
for控制結(jié)構(gòu)允許重復(fù)執(zhí)行代碼，同時保留一個具有可迭代對象值的變量。要知道你正在迭代的可迭代對象的位置掩宜，enumerate方法將返回可迭代對象...

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