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TCGA FPKM 轉(zhuǎn)化為 TPM
FPKM 一般來說不太好用脑溢，轉(zhuǎn)為TPM進(jìn)行后續(xù)的分析比較合適血柳。下面是FPKM轉(zhuǎn)化為TPM的R實現(xiàn)： 參考： RNA-Seq的Counts和FPK...
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Hisat2+Stringtie+DESeq2 workflow in R
前言 因為以前的分析流程要在Shell 和 R 之間切換榜揖，然后可控性還差，有點煩歇僧，正好最近有點數(shù)據(jù)要分析碧信，干脆就重新建立一個 all in on...
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多個fasta文件中去除重復(fù)序列
前言 需求：N個fasta文件，里面的序列可能有大量的重復(fù)跛溉，但是其header并不一定相同焊切，需要把他們合并并去重。 方法一 首先用cat命令將他...
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比較兩個fasta文件是否相同
前言 最近碰到一個需求芳室，比較兩個fasta文件的所有序列是否一樣专肪，但是其名字無所謂是否相同，于是想了一個比較簡單的辦法堪侯，shell下面直接可以完...
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各種實驗圖像的定量方法劃痕實驗 使用imageJ插件：Wound Healing Tool 下載地址 http://dev.mri.cnrs.fr/attachmen...
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IGV導(dǎo)出SVG圖片導(dǎo)入到AI里的方法
前言 從IGV里導(dǎo)出矢量圖格式SVG嚎尤，雖然可以直接用chrome查看，但是用AI打開編輯時會報錯伍宦，并只剩下框架芽死，沒有各個tracks乏梁，如下圖： ...
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用R繪制五元的Upset圖和Venn圖并繪制文本表前言 很多時候，韋恩圖只適合在維數(shù)較低的時候使用关贵，一旦集合多了遇骑，看起來會很復(fù)雜，可視性比較差揖曾，這個時候就需要用到upset圖落萎，雖然看起來沒那么酷...
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VPS自動運行frps
由于國外超便宜的VPS總是自己重啟，搞得我frps總要斷炭剪，弄了一下crontab+小腳本自動檢測 小腳本 crontab
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將ICGC的基因表達(dá)數(shù)據(jù)處理成表達(dá)矩陣（perl）小程序的目的 最近在搞ICGC的數(shù)據(jù)庫练链，想作為TCGA數(shù)據(jù)挖掘的驗證集，然后發(fā)現(xiàn)ICGC下下來的數(shù)據(jù)不能夠直接用于分析奴拦，于是寫個小的perl處理...