發(fā)簡信
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RNA-seq數(shù)據(jù)的上游處理及工具HISAT2; STAR; RSEM; featureCounts; Htseq-count; kallisto; salmon
歡迎批評指正 一、上游處理流程 上游處理步驟包括質量檢測切蟋、質量控制焰宣、比對、定量[2]保檐，每一步處理數(shù)據(jù)的目的都是不同耕蝉，也有相關的軟件與之對應。通過...
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featureCounts幫助文檔
featureCounts --help
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理解并操作BAM文件經(jīng)過了第四節(jié)的長文夜只，我想大家基本上已經(jīng)知道了一個WGS流程該如何構建起來了吧垒在。但在那一節(jié)中限于篇幅有兩個很重要的文件我沒能展開來講，分別是：BA...
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FASTA和FASTQ在WGS數(shù)據(jù)的分析過程中扔亥，我們會接觸到許多生物信息學/基因組學領域所特有的數(shù)據(jù)文件和它們特殊的格式场躯，在這一節(jié)中將要介紹的FASTA和FASTQ便...
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rsem-calculate-expression幫助文檔
rsem-calculate-expression --help
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STAR幫助文檔
STAR --help
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RNA-seq分析（STAR-RSEM-DESeq2）
一、準備RNA-seq數(shù)據(jù) 需要參考基因組文件旅挤，注釋文件踢关，樣本的fastq.gz文件 檢查fastq.gz是否完整 二、fastqc生成質量報告...