【CIBERSORT】超詳細，從數(shù)據(jù)下載到數(shù)據(jù)分析全過程(初學(xué)者筆記) cibersort是目前引用次數(shù)最多的免疫細胞浸潤估計分析工具七问，2015...
投稿
收錄了7篇文章 · 16人關(guān)注
-
【CIBERSORT】超詳細，從數(shù)據(jù)下載到數(shù)據(jù)分析（初學(xué)者筆記） -
GEO數(shù)據(jù)分析中exprs提取表達矩陣区宇，pData提取臨床信息
關(guān)于用getGEO下載數(shù)據(jù)后抡诞，會得到一個list炕桨，取出第一個列表中的元素后丧凤，再查看這第一個元素的數(shù)據(jù)類型后捌锭，發(fā)現(xiàn)他是一個對象（"Expressi...
-
復(fù)現(xiàn)：純R代碼實現(xiàn)ssGSEA算法評估腫瘤免疫浸潤程度最近學(xué)習(xí)了生信菜鳥團的純R代碼實現(xiàn)ssGSEA算法評估腫瘤免疫浸潤程度,想復(fù)制作者的流程俘陷，但是發(fā)現(xiàn)了幾個不一樣的地方，所以重新整理流程观谦，代碼主要...
-
CIBERSORT 免疫浸潤(2023.1.2更新版)目前主流的免疫浸潤計算方法是CIBERSORT和ssgsea拉盾，今天介紹CIBERSORT。 1.輸入數(shù)據(jù)要什么 下面這段話摘自CIBERSORT...
-
基于Seurat結(jié)果推斷單細胞群腫瘤純度之ESTIMATEInferring tumour purity and stromal and immune cell admixture from expre...
-
腫瘤免疫浸潤細胞在線分析---Cibersort做腫瘤方向的同學(xué)們豁状，現(xiàn)在CAR-T捉偏，PD1，TIL治療這么火熱泻红，要不要試試你研究的腫瘤類型夭禽，是不是也涉及免疫細胞浸潤？不需要復(fù)雜的代碼谊路，網(wǎng)頁工具...
-
定量免疫浸潤在單細胞研究中的應(yīng)用最近聽說定量免疫浸潤很火讹躯，于是我也報名參加了果子老師的課程，跑了幾個R包缠劝，你比如說xCell啊潮梯，GSVA啊，MCPcounter啊剩彬，Consen...
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1955136/1623344919.jpg', '推薦專題《免疫浸潤》（ 分享自 @簡書 ）','http://www.reibang.com/c/0743bfbfb618?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','頁面編碼gb2312|utf-8默認gb2312'));){kind=link}