Microbiome - 專(zhuān)題 - 簡(jiǎn)書(shū)

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Microbiome

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Qiime2-1.介紹及安裝
今天開(kāi)始將要介紹qiime2的使用却舀。qiime2雖然和qiime1只差了一個(gè)數(shù)字坚芜，但是兩者之間的差異很大婿脸，Qiime2是對(duì)Qiime1進(jìn)行了重新...

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Qiime1-18.HUMAnN2分析通路
HUMAnN2是由Huttenhower組發(fā)布的抱究，基于全基因組測(cè)序數(shù)據(jù)用于計(jì)算基因豐度的軟件欠肾。本節(jié)我們要用其對(duì)PICRUSt產(chǎn)生KEGG gen...

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Qiime1-17.PICRUSt-16S預(yù)測(cè)宏基因組关炼？
16S擴(kuò)增子測(cè)序是對(duì)細(xì)菌中具有代表性的序列進(jìn)行測(cè)序涩笤，相比宏基因組測(cè)序昆淡，16S擴(kuò)增子測(cè)序無(wú)法提供基因功能信息锰瘸，只能給出菌群豐度信息。但是PICRU...

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Qiime1-16.LEfSe輸入文件如何生成昂灵？如何使用LEfSe避凝？
今天我們要來(lái)介紹在16S分析中經(jīng)常用到的另一個(gè)在線分析工具LEfSe。該工具是由Huttenhower小組開(kāi)發(fā)的眨补，用于通過(guò)相對(duì)豐度來(lái)發(fā)現(xiàn)2個(gè)或更...

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Qiime1-15.一鍵打包所有分析：Core Diversity Analysis
在之前我們已經(jīng)介紹了Alpha管削、Beta、物種分類(lèi)撑螺、差異性等一系列的分析含思，本節(jié)我們要介紹一個(gè)命令，打包了之前所有的分析內(nèi)容甘晤。 core_dive...

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Qiime1-14.利用監(jiān)督學(xué)習(xí)進(jìn)行分類(lèi)
機(jī)器學(xué)習(xí)是一種目前流行且使用的生物信息分析方法含潘。本節(jié)我們將基于菌群的豐度利用機(jī)器學(xué)習(xí)的方法建立分類(lèi)器，對(duì)樣本進(jìn)行分類(lèi)线婚。在運(yùn)行命令之前遏弱，建議使用...

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Qiime1-13.菌群組成與指標(biāo)相關(guān)性分析（自帶命令及MaAslin）
你的metadata和你的菌群之間是否有關(guān)系呢？這一定會(huì)很多人關(guān)心的問(wèn)題塞弊。本節(jié)我們就來(lái)討論如何探究菌群組成和metadata中指標(biāo)之間的相關(guān)性漱逸。...

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Qiime1-12.菌群組成分析
本節(jié)就要進(jìn)入更為關(guān)鍵的分析流程了——菌群組成的分析泪姨。進(jìn)行16S測(cè)序的目的就是為了研究不同樣本間的菌群組成差異，本節(jié)我們將講解如何用qiime1繪...

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Qiime1-11.Beta多樣性分析
本節(jié)我們介紹Beta多樣性的分析饰抒。 Beta多樣性分析微生物的Beta多樣性可以直接使用Qiime1中的beta_diversity_thro...

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Qiime1-10.Alpha多樣性分析
本節(jié)我們將介紹Alpha多樣性如何分析肮砾，具體包括三部分的內(nèi)容：Alpha稀釋曲線、計(jì)算比較Alpha多樣性的差異循集、Mapping文件中添加Alp...

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