數(shù)據(jù)整理到差異分析 - 專題

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2019-11-12 人氣推文p值伴箩、E值趋惨、FDR黄橘、q值…你暈菜了嗎干毅？續(xù)集來啦即舌！
轉(zhuǎn)發(fā)自http://crickcollege.com/news/148.html 承前小編很驚喜地看到啦粹，上一篇介紹蛋白質(zhì)組學(xué)統(tǒng)計(jì)學(xué)參數(shù)的推文在...

0.5 iColors 1 16
FDR-P值是什么東西拼岳！
概念 FDR枝誊，Q value，adjust p valuep-value：衡量一次檢驗(yàn)假陽(yáng)性率的指標(biāo)（False positive rate） ...

1.9 caokai001 2 34

使用pheatmap包繪制熱圖
加載所需R包設(shè)置工作路徑構(gòu)建測(cè)試數(shù)據(jù)集將熱圖結(jié)果按聚類后的順序輸出

21.5 Davey1220 30 318 2
org.Hs.eg.db 包的使用
jimmy布置的個(gè)R語(yǔ)言中級(jí)作業(yè)中提到了幾個(gè)R包惜纸，我查找了Bioconductor中org.Hs.eg.db包的使用說明書叶撒，為了自己更好的理解和...

1.3 我是Peace 0 19
GSE83521/GSE89143去除批次效應(yīng)
老大在群里出的題，說感覺這個(gè)熱圖很詭異耐版，然后中間我自己沒有用boxplot查看數(shù)據(jù)的表達(dá)量祠够，對(duì)于數(shù)據(jù)不能有正確的認(rèn)識(shí)，導(dǎo)致一開始的deg的log...

4.9 小夢(mèng)游仙境 16 62 1
【r<-生信|芯片分析】Bioconductor分析基因芯片數(shù)據(jù)
我2017年用的域名失效了粪牲，我之前那個(gè)網(wǎng)站也沒用了古瓤，所以這篇文章之前提供的鏈接跳轉(zhuǎn)不過去。我現(xiàn)在直接在簡(jiǎn)書提供全文腺阳，然后新的鏈接是：https:...

2.5 王詩(shī)翔 7 51
用R分析芯片實(shí)戰(zhàn)（上）
劉小澤寫于18.9.10實(shí)戰(zhàn)上從數(shù)據(jù)下載到差異基因的獲得落君、初步作圖實(shí)戰(zhàn)下進(jìn)行富集分析，使用數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行注釋在此感謝jimmy的limma包等教程 ...

1.7 劉小澤 3 32

從 EBI ArrayExpress 獲取芯片數(shù)據(jù)
要說尋找公共芯片測(cè)序數(shù)據(jù)大家都知道上 GEO 查找亭引，其實(shí) EBI 也有個(gè)叫 ArrayExpress 的網(wǎng)站(網(wǎng)址ArrayExpress < ...

0.7 BeeBee生信 2 13
典型醫(yī)學(xué)設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)GEO數(shù)據(jù)分析 (step-by-step) - 數(shù)據(jù)獲取到標(biāo)準(zhǔn)化
GEO是當(dāng)今最大绎速、最全的公共基因數(shù)據(jù)資源庫(kù)，包括基因的表達(dá)焙蚓、突變纹冤、修飾等信息，涵蓋幾乎所有的疾病购公，且單個(gè)實(shí)驗(yàn)檢測(cè)樣品數(shù)目較多萌京，是我們分析、學(xué)習(xí)的...

0.8 生信寶典 0 15
GEO數(shù)據(jù)分析中exprs提取表達(dá)矩陣宏浩，pData提取臨床信息
關(guān)于用getGEO下載數(shù)據(jù)后知残，會(huì)得到一個(gè)list，取出第一個(gè)列表中的元素后绘闷，再查看這第一個(gè)元素的數(shù)據(jù)類型后橡庞，發(fā)現(xiàn)他是一個(gè)對(duì)象（"Expressi...

4.1 小夢(mèng)游仙境 5 64 1