在分析生物學(xué)問題時犬第， 我們會想著從多個角度入手分析樣本设预。當(dāng)我們擁有多種不同的組學(xué)數(shù)據(jù)的時候余赢，組學(xué)的獨立分析忽略了不同特征之間的關(guān)系障般，可能會遺漏關(guān)...
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一文讀懂Ka/Ks
什么是Ka/Ks The ratio of the number of nonsynonymous substitutions per nons...
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使用kmer來評估基因組特征。1、基本定義 k-mer：在reads上，從第一個堿基開始衙猪，一個堿基一個堿基地移動，截取長度為k的DNA序列布近，稱為k-mer垫释。 2、重復(fù)序列 在...
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文獻(xiàn)筆記五十一：野生柑橘基因組與柑橘的馴化歷史
論文 Genome of wild mandarin and domestication history of mandarinMolecula...
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系統(tǒng)發(fā)育比較分析—R系統(tǒng)發(fā)育樹是研究物種進(jìn)化歷史必不可少的信息撑瞧，我們可以利用它得到一些重要歷史線索棵譬，如： 生物多樣性（物種形成或滅絕）； 物種性狀進(jìn)化與多樣化（Ch...
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ebi的生信培訓(xùn)課程
最近逛twiiter的時候预伺，偶然發(fā)現(xiàn)有位老姐分享了關(guān)于植物的生信培訓(xùn)課程茫船。 點進(jìn)去地址的時候琅束，發(fā)現(xiàn)是這個樣子的∷闾福可以看到EBI還有很多網(wǎng)上培訓(xùn)課...
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[數(shù)據(jù)庫] 腫瘤位點相關(guān)數(shù)據(jù)庫腫瘤研究相關(guān)數(shù)據(jù)庫： 最經(jīng)典的Cosmic數(shù)據(jù)庫COSMIC 全稱：Catalogue of somatic mutation in cance...
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如何定義基因下游的區(qū)間
首先基因下游是什么？ 我們知道上游很重要啊料滥，因為可能會調(diào)控轉(zhuǎn)錄然眼，但注釋的時候，沒有上游這個東西葵腹，為什么呢高每？因為轉(zhuǎn)錄起始位點TSS的上下游被定義為...
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在終端下調(diào)用IGV進(jìn)行截圖
安裝指南 保證你的服務(wù)器已安裝如下軟件 Python2.7+ 或Python3+ bash IGV Xvfb xdpyinfo Java 之后從...
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利用NextDenovo進(jìn)行三代組裝（四個組裝軟件結(jié)果比較）一：下載安裝 需要注意的是這個軟件運行需要Python2的環(huán)境哦。然后安裝好了記得加環(huán)境践宴。這次用的是大腸桿菌的一個pacbio數(shù)據(jù)做的測試鲸匿。 二...
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