RNA-seq - 專題 - 簡(jiǎn)書(shū)

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RNA-seq

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轉(zhuǎn)錄組入門（7）：差異表達(dá)分析
這個(gè)步驟推薦在R里面做，載入表達(dá)矩陣，然后設(shè)置好分組信息，統(tǒng)一用DEseq2進(jìn)行差異分析，當(dāng)然也可以走走edgeR或者limma的voom流程般婆。...

7.7 xuzhougeng 25 148
轉(zhuǎn)錄本差異分析（salmon）
Swimming downstream: statistical analysis of differential transcript usa...

0.3 落寞的橙子 0 2

使用Trinity進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組組裝
Trinity是Broad Institute和Hebrew University of Jerusalem開(kāi)發(fā)的RNA-Seq數(shù)據(jù) 轉(zhuǎn)錄組組裝...

3.2 xuzhougeng 10 55 1
轉(zhuǎn)錄組有參分析之STAR比對(duì)及可變剪切
轉(zhuǎn)錄組有參分析之STAR比對(duì)及可變剪切 STAR比對(duì)的特點(diǎn)：速度快準(zhǔn)確度高 3'reads soft clip genomeLoad Loa...

1.7 顫抖吧__小蟲(chóng)子 0 23
RNA-seq流程-從SRR下載到得到表達(dá)矩陣
RNA-seq流程-從SRR下載到得到表達(dá)矩陣 1.數(shù)據(jù)下載在~/project/new/路徑下，將SRR號(hào)重定向到一個(gè)id里將SRA數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)...

1.0 小夢(mèng)游仙境 1 8
轉(zhuǎn)錄組分析——STAR+RSEM+Deseq2
STAR+RSEM+Deseq2視頻課程鏈接已經(jīng)公開(kāi), https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411p7WN?...

10.3 BeautifulSoulpy 38 183 1
轉(zhuǎn)錄組全新學(xué)習(xí)之總篇
Y叔的RNA-seq workflow 強(qiáng)力推薦[https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflow]...

3.3 wo_monic 3 24

RNA-seq數(shù)據(jù)的上游處理及工具HISAT2; STAR; RSEM; featureCounts; Htseq-count; kallisto; salmon
歡迎批評(píng)指正一、上游處理流程上游處理步驟包括質(zhì)量檢測(cè)哪轿、質(zhì)量控制、比對(duì)翔怎、定量[2]窃诉，每一步處理數(shù)據(jù)的目的都是不同，也有相關(guān)的軟件與之對(duì)應(yīng)赤套。通過(guò)...

2.4 清零2000 1 37
BWA比對(duì)及Samtools提取目標(biāo)序列
今天想看一下自己的序列里面會(huì)不會(huì)有某細(xì)菌基因組存在飘痛，主要使用BWA和Samtools： bwa主要用于將低差異度的短序列與參考基因組進(jìn)行比對(duì)。主...

0.3 呂強(qiáng)強(qiáng)學(xué)生信 0 4
從BAM文件提取unmapped reads并轉(zhuǎn)換成fastq格式
用到的程序容握，samtools和bedtools宣脉，都用conda安裝。目標(biāo)是將第一次比對(duì)的bam中unmapped reads提取出來(lái)剔氏，并轉(zhuǎn)換成...

2.1 牛角箱鲀 2 9