全基因組（WGS）數(shù)據(jù)分析 - 專(zhuān)題

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Varscan2 通過(guò)normal tumor配對(duì)樣本探測(cè)germline突變
1. 通過(guò)varscan2探測(cè)somatic和germline的突變對(duì)于有normal-tumor的配對(duì)樣本赦肃，varscan通過(guò)比較norma...

0.2 果蠅的小翅膀 0 2
GATK4 Mutect2 call Short Variant
GATK4 Mutect2 call Short Variant 先來(lái)看一下GATK 官網(wǎng)對(duì)Short Variant的定義： Short va...

0.6 JeremyL 0 6

GATK4流程學(xué)習(xí)之DNA-Seq variant calling(Germline：SNP+INDEL)
GATK4流程學(xué)習(xí)之背景知識(shí)與前期準(zhǔn)備 - 簡(jiǎn)書(shū)[http://www.reibang.com/p/97e803755fa6]GATK4流程學(xué)...

2.9 小貝學(xué)生信 2 34
多個(gè)somatic vcf合并成maf
1、安裝 vep我是通過(guò)conda安裝到 /jupyter/bioinfo/, vep可執(zhí)行文件是在/jupyter/bioinfo/share...

0.1 leoatchina 0 3
全外顯子測(cè)序(wes)數(shù)據(jù)分析詳細(xì)流程(小樣本)
如果想看大樣本的數(shù)據(jù)處理分析流程請(qǐng)移步總目錄:三陰性乳腺癌全外顯子分析(wes)(大樣本727個(gè)) 分析流程目錄如下： 1 wes相關(guān)軟件下載與...

1.7 Y大寬 0 29
WES 分析（從下載數(shù)據(jù)到IGV）
1. 數(shù)據(jù)下載 SRP077971 選取其中三個(gè)wes下載下載sra數(shù)據(jù)丰刊，每個(gè)耗時(shí)～25min sra轉(zhuǎn)為fastq.gz(每個(gè)耗時(shí)～30mi...

1.1 dandanwu90 4 14
WES(全外顯子)分析(上)
感悟：軟件不看幫助文檔箕肃，不閱讀說(shuō)明書(shū)恋博，就只能抄代碼叨叙，卻不知道錯(cuò)在哪里宾添。不想要成為代碼搬運(yùn)工船惨。 1. 分析前工作準(zhǔn)備 1.1 創(chuàng)建環(huán)境： 1.2...

0.2 dandanwu90 4 5

GATK4.0和全基因組數(shù)據(jù)分析實(shí)踐（上）
前言在前面的一系列WGS文章中，我講述了很多基因數(shù)據(jù)分析的來(lái)龍去脈缕陕，雖然許多同學(xué)覺(jué)得很有幫助粱锐，但是卻缺了一個(gè)重要的環(huán)節(jié)——沒(méi)有提供實(shí)際可用的數(shù)...

5.3 黃樹(shù)嘉 28 89 1
GATK4全基因組數(shù)據(jù)分析最佳實(shí)踐,我以這篇文章為標(biāo)志,終結(jié)當(dāng)前WGS系列數(shù)據(jù)分析的流程主體問(wèn)題 | 完全代碼
這是我根據(jù)之前的WGS系列和GATK4實(shí)踐文章進(jìn)行重新梳理之后確定下來(lái)的分析流程，這是一個(gè)WGS的最佳實(shí)踐扛邑，它基于GATK4和我的實(shí)際經(jīng)驗(yàn)怜浅，稍作...

7.3 黃樹(shù)嘉 22 95 1
GATK4流程學(xué)習(xí)之背景知識(shí)與前期準(zhǔn)備
GATK4流程學(xué)習(xí)之背景知識(shí)與前期準(zhǔn)備 - 簡(jiǎn)書(shū)[http://www.reibang.com/p/97e803755fa6]GATK4流程學(xué)...

2.7 小貝學(xué)生信 0 15 1