基因組組裝 - 專題

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基因組組裝

收錄了38篇文章 · 16人關(guān)注

GeneMark-ES/ET安裝與模型訓(xùn)練
GeneMarkGeorgia Institute of Technology開發(fā)的一系列基因預(yù)測(cè)工具袱贮。真核生物基因組預(yù)測(cè)主要會(huì)用到GeneMa...

0.6 斬毛毛 5 6
基因功能注釋
根據(jù)已有的蛋白庫(kù)寺枉，對(duì)從基因組上提取到的蛋白序列進(jìn)行比對(duì)份企，從而獲得相應(yīng)的信息。常用的數(shù)據(jù)庫(kù)： Nr：NCBI官方非冗余蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)立宜，包括PDB, ...

4.4 斬毛毛 10 41

基于3D-DNA，ALLHiC掛載二倍體基因組
關(guān)于3D-DNA，前面已經(jīng)有簡(jiǎn)單介紹朽肥，本次主要介紹ALLHiC分析流程 ALLHiC的流程主要分為以下5個(gè)步驟： Prune: 修剪（二倍體基因...

5.7 斬毛毛 1 16
基于轉(zhuǎn)錄組預(yù)測(cè)基因預(yù)測(cè)
本文參考徐洲更hoptop 若有轉(zhuǎn)錄組，可從以下方面進(jìn)行分析 1持钉、基于HISAT2 + StringTie 首先衡招，使用HISAT2將RNA-s...

0.2 斬毛毛 4 4
hifiasm對(duì)HiFi PacBio進(jìn)行組裝
hifiasm是一個(gè)能有效利用PacBio HiFi測(cè)序技術(shù)，在分型組裝圖(pahsed assembly gprah)中可靠的表示單倍體信息的...

4.2 xuzhougeng 4 32
使用MAKER進(jìn)行基因注釋(高級(jí)篇之SNAP模型訓(xùn)練）
訓(xùn)練 ab initio 基因預(yù)測(cè)工具(以SNAP為例) 對(duì)于一個(gè)新的物種而言每强，你大概率是沒有一個(gè)高質(zhì)量的基因模型去進(jìn)行基因預(yù)測(cè)始腾。但是我們可以利...

1.0 xuzhougeng 1 11
使用MAKER進(jìn)行基因注釋(高級(jí)篇之GeneMark-ET模型訓(xùn)練）
GeneMarkGeorgia Institute of Technology開發(fā)的一系列基因預(yù)測(cè)工具州刽。真核生物基因組預(yù)測(cè)主要會(huì)用到GeneMa...

1.5 xuzhougeng 5 20 1

使用MAKER進(jìn)行基因注釋(高級(jí)篇之AUGUSTUS模型訓(xùn)練）
準(zhǔn)備訓(xùn)練集和測(cè)試集根據(jù)Augutus的官方教程，可靠的基因結(jié)構(gòu)序列的要求如下：提供基因的編碼部分浪箭，包含上游幾KB穗椅。通常而言，基因越多奶栖，效果越...

2.2 xuzhougeng 7 30
如何用WGDI進(jìn)行共線性分析(上)
多倍化以及后續(xù)的基因丟失和二倍化現(xiàn)象存在于大部分的物種中, 是物種進(jìn)化的重要?jiǎng)恿ζケ怼Ｈ绻粋€(gè)物種在演化過程中發(fā)生過多倍化，那么在基因組上就會(huì)存在一...

7.4 xuzhougeng 5 42
基因結(jié)構(gòu)注釋（2）：同源注釋
同源預(yù)測(cè)(homology prediction)利用近緣物種已知基因進(jìn)行序列比對(duì)宣鄙，找到同源序列袍镀。然后在同源序列的基礎(chǔ)上，根據(jù)基因信號(hào)如剪切信號(hào)...

1.8 周小釗 7 24