單細(xì)胞高級分析36計 - 專題

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CellChat 三部曲3：具有不同細(xì)胞類型成分的多個數(shù)據(jù)集的細(xì)胞通訊比較分析
CellChat 三部曲3：具有不同細(xì)胞類型成分的多個數(shù)據(jù)集的細(xì)胞通訊比較分析加載所需的包[#load-the-required-librar...

0.9 Seurat_Satija 0 11
CellChat 三部曲2：使用CellChat 對多個數(shù)據(jù)集細(xì)胞通訊進(jìn)行比較分析
CellChat 三部曲2：使用CellChat 對多個數(shù)據(jù)集細(xì)胞通訊進(jìn)行比較分析加載所需的包[#load-the-required-libr...

3.5 Seurat_Satija 8 37

CellChat三部曲1：使用CellChat對單個數(shù)據(jù)集進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析
CellChat三部曲1：使用CellChat對單個數(shù)據(jù)集進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析自從周運(yùn)來在簡書寫了一篇cellchat的中文介紹教程倦微，然后R包作...

3.9 Seurat_Satija 5 54
NBIS系列單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)（一）：數(shù)據(jù)質(zhì)控
Single cell RNA-seq analysis workshop 該系列課程由瑞典國家生物信息學(xué)基礎(chǔ)設(shè)施(NBIS) 負(fù)責(zé)設(shè)置正压，為瑞典...

1.7 Davey1220 5 24
SCENIC轉(zhuǎn)錄因子分析實(shí)戰(zhàn)---以Seurat的pbmc3K數(shù)據(jù)集為例
下面的代碼復(fù)制粘貼即可運(yùn)行，超級簡單焦履，如果是你自己的數(shù)據(jù)，你只需同樣的模式做出來 exprMat 表達(dá)矩陣嘉裤，和cellInfo的臨床表型郑临，就可以...

1.7 Seurat_Satija 1 21
單細(xì)胞108篇文獻(xiàn)解讀之10---Inference and analysis of cell-cell communication using CellChat
大家好呀厢洞！今天為大家解讀的是一篇于2021年1月17日發(fā)表于nature communications的文章，題目為Inference and ...

1.0 Seurat_Satija 0 9
cellchat整合多個數(shù)據(jù)集進(jìn)行細(xì)胞通訊分析
Load the required libraries Create a directory to save figures Load Cell...

3.6 Seurat_Satija 0 24

SCENIC單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子分析原理
1. 簡介 SCENIC （single-cell regulatory network inference and clustering）是一...

0.7 Seurat_Satija 0 7
繪制scenic的轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖
其實(shí)我想畫這張圖，是scenic分析后轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)控圖秋柄。出自健明大佬分享的教程我記得小潔老師講過ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)有類似的圖蠢正『П剩回去找了教程嚣崭，...

1.2 Seurat_Satija 3 13
單細(xì)胞108篇文獻(xiàn)解讀之11---SCENIC: 單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)推斷基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和細(xì)胞功能聚類
目前單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域用的比較多的細(xì)胞聚類方法大多是直接從基因表達(dá)矩陣推斷，但是對于多樣本合并分析雹舀，很多情況下會出現(xiàn)難以解決的批次效應(yīng)芦劣，例如：有些...

0.9 Seurat_Satija 0 15