還在利用hisat, tophat這些耳熟能詳?shù)能浖ead比對(duì)到基因組（轉(zhuǎn)錄組）上，然后統(tǒng)計(jì)每個(gè)基因的count數(shù)么蕴侧？試試這些不需要比對(duì)，速...
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基因表達(dá)分析（前傳）-準(zhǔn)備count矩陣
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【r<-差異分析】當(dāng)使用limma時(shí)判帮，它在比較什么
差異分析流程示例與資料 基因芯片的差異表達(dá)分析主要有 構(gòu)建基因表達(dá)矩陣、構(gòu)建實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)矩陣氓侧、構(gòu)建對(duì)比模型（對(duì)比矩陣）脊另、線性模型擬合、貝葉斯檢驗(yàn)和生...
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轉(zhuǎn)錄組入門（7）：差異表達(dá)分析這個(gè)步驟推薦在R里面做约巷，載入表達(dá)矩陣偎痛，然后設(shè)置好分組信息，統(tǒng)一用DEseq2進(jìn)行差異分析独郎，當(dāng)然也可以走走edgeR或者limma的voom流程踩麦。...
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轉(zhuǎn)錄組入門（3）：了解fastq測(cè)序數(shù)據(jù)作業(yè)要求 需要用安裝好的sratoolkit把sra文件轉(zhuǎn)換為fastq格式的測(cè)序文件枚赡，并且用fastqc軟件測(cè)試測(cè)序文件的質(zhì)量！作業(yè)谓谦，理解測(cè)序...
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RNA-seq完整分析過程linux基本命令 第六章 Linux文件與目錄管理 極客學(xué)院服務(wù)器 高通量相關(guān)基礎(chǔ)知識(shí) 生信一百講 1贫橙、 Anaconda Anaconda是...
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RNA-seq(5):序列比對(duì)：Hisat2比對(duì)軟件很多，首先大家去收集一下反粥，因?yàn)槲覀兪菐Т蠹胰腴T卢肃，請(qǐng)統(tǒng)一用hisat2(官網(wǎng)https://ccb.jhu.edu/software/hi...
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