最佳線性無偏預(yù)測 (BLUP) BLUP (Best Linear Unbiased Prediction) 惶看，在線性混合模型中可以用來評估隨機...
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全基因組關(guān)聯(lián)分析流程 ( 二 )
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玉米全基因關(guān)聯(lián)分析 ( GWAS Analysis Pipeline )全基因組關(guān)聯(lián)分析是基于數(shù)量性狀連鎖不平衡理論煮落，通過表型與基因型關(guān)聯(lián)分析獲得影響表型性狀的顯著關(guān)聯(lián)標記。 1. 軟件 Tassel / Gaipt...
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全基因組關(guān)聯(lián)分析流程（三）拿到結(jié)果后卒蘸，我們對結(jié)果進行展示，一般 GWAS 的標準結(jié)果圖為 曼哈頓圖 和 QQ 圖趣避，作圖代碼如下： 數(shù)據(jù)示例入下： END
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GWAS：混合線性模型分析多性狀GWAS（MTMM）
原文下載 文章 數(shù)據(jù)及代碼下載 MTMM Korte A, Vilhjálmsson B J, Segura V, et al. A mixed...
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關(guān)于全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）
全基因組關(guān)聯(lián)分析是一種在人類或動植物全基因組中尋找變異序列的方法尸执，全英文名為Genome-wide association study，縮寫名為...
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2018-11-06 GWAS實戰(zhàn)（七）plink 進階之關(guān)聯(lián)分析這一節(jié)說的是association analysis 也是我們分析單標記回歸得到的結(jié)果（P值）的一步浸卦，這一步的結(jié)果可以用來與我第一講 聯(lián)合起來署鸡，...
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2018-11-05 GWAS實戰(zhàn)（六）plink 進階之主成分分析和群體分層要學習這一節(jié)，首先是要學習什么是主成分，什么是聚類這個我一直有點搞混靴庆，可以百度谷歌查一查http://www.cnblogs.com/pinar...
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2018-11-02 GWAS實戰(zhàn)（五）plink 進階之數(shù)據(jù)過濾一條命令
之前講了太多的很細的數(shù)據(jù)分析和過濾时捌，在實戰(zhàn)中，一般可以把命令寫在一起炉抒。 這張圖片對比了數(shù)據(jù)summary和數(shù)據(jù)過濾的命令之間的差異奢讨。 對于我們自...
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2018-11-01GWAS實戰(zhàn)（四）plink 進階之數(shù)據(jù)過濾數(shù)據(jù)好不好，影響到結(jié)果的準確性焰薄，所以我們要來對數(shù)據(jù)進行過濾拿诸，過濾前，我們應(yīng)該對數(shù)據(jù)的部分特征進行統(tǒng)計描述塞茅，以此為依據(jù)來進行過濾亩码。 這里介紹的幾個...
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2018-10-31 GWAS實戰(zhàn)（三）plink 進階之認識常用文件格式學會了基本的plink之后，就要開始學習了解輸入文件的格式了野瘦。詳細的格式建議看官網(wǎng)因為之前以及接觸過幾次描沟，這里來個詳細的歸總主要認識 ped m...
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