最近有很多人在給他們做完了WGCNA分析之后,跑過來問結(jié)果中各種圖片的意思。我就整理一下WGCNA分析結(jié)果中常見圖片的含義吧,如有理解錯(cuò)誤,還請...
![240](https://upload.jianshu.io/collections/images/1836426/crop1574044215835.jpg?imageMogr2/auto-orient/strip|imageView2/1/w/240/h/240)
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什么是WGCNA 1 樣本聚類,查看是否有離群值 2. 找構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)合適的閾值 左圖縱軸:相關(guān)系數(shù)的平方,越高說明該網(wǎng)絡(luò)越逼近無網(wǎng)絡(luò)尺度的分布材彪。右...
鑒于大量的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),可能出現(xiàn)的一個(gè)問題是“如果A組和B組都進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組研究并報(bào)告了一些結(jié)果琴儿,這些結(jié)果的相容性如何段化?”目前基于轉(zhuǎn)錄組或芯片數(shù)據(jù)進(jìn)...
1. 挑選軟閾值 軟閾值的要求:無尺度拓?fù)渚W(wǎng)絡(luò)系數(shù) R^2 高于 0.85,或者或平均連接度降到 100 以下 如果沒有合適的閾值造成,可以使用 R...
文章來源:生信技能樹原文:GEO數(shù)據(jù)挖掘-第三期-口腔鱗狀細(xì)胞癌(OSCC)文章標(biāo)題 A pplication of weighted gene...
文章來源:生信技能樹原文:GEO數(shù)據(jù)挖掘-第四期-肝細(xì)胞癌(HCC) 疾病背景 肝細(xì)胞癌(HCC)显熏,起源于肝細(xì)胞,是全球第七大常見癌癥晒屎。 每年全...
原文地址:https://mp.weixin.qq.com/s/p-4-WerJ6m2F9b5Ie-cerA WGCNA和差...
本篇代碼參考文章:1.生信菜鳥團(tuán):一文學(xué)會(huì)WGCNA分析2.WGCNA(加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析)3.WGCNA分析喘蟆,簡單全面的最新教程4.WGC...
根據(jù)文章生信菜鳥團(tuán):一文學(xué)會(huì)WGCNA分析所講: WGCNA輸入數(shù)據(jù)的準(zhǔn)備,主要有兩個(gè)數(shù)據(jù)需要提前準(zhǔn)備好:(1)是表達(dá)矩陣夷磕, 如果是芯片數(shù)據(jù),常...
加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析 (WGCNA, Weighted correlation network analysis)是用來描述不同樣品之間基因關(guān)...