需要準備的內(nèi)容: 環(huán)境：Linux 或 Ubuntu倒彰，已經(jīng)安裝openjdk 文件：通過 GATK 流程得到的變異或者 VCF 格式的文件 參考...
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SnpEff：vcf注釋軟件安裝及應(yīng)用 -
PSMC分析有效群體大形黾取（Ne）
1 軟件準備 bwa samtools bcftoolspicard psmc 2 數(shù)據(jù)準備 二倍體物種（該分析是結(jié)合雜合度來分析的）９示簟鼠证！ Re...
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PSMC使用過程中的一些坑
首先肯定是要call SNPs的饮睬，最好用bcftools pileup铡原，避免后面報錯 可以用一個管道一次性搞定： 也可以先call出VCF文件：...
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【bwa mem比對問題匯總】
bwa mem比對出現(xiàn)：skip orientation RF as there are not enough pairs mapping生成s...
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1965217/v2-5ca2348a7bbe358a1e1bb5eab16a6c89_1440w.jpg', '推薦專題《Whole Genome Resequencing》（ 分享自 @簡書 ）','http://www.reibang.com/c/692746e1960b?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','頁面編碼gb2312|utf-8默認gb2312'));){kind=link}