背景 參照簡(jiǎn)書上好多人的方法安裝samtools吗货，git啊，安裝包啊狈网，一直出各種問題還是沒解決宙搬。 什么libcrypto.so.1.0.0啊什么...
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2019-08-05 一行代碼安裝Samtools
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RNA-seq中的那些統(tǒng)計(jì)學(xué)問題（二）FPKM/RPKM之外的那些標(biāo)準(zhǔn)化方法目錄 1. 標(biāo)準(zhǔn)化1.1. House-keeping gene(s)1.2. spike-in1.3. CPM1.4. TCS1.5. Qua...
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RNA-seq中的常見問題匯總參考鏈接：http://www.huangshujia.me/2018/05/26/2018-05-26-How-Does-Sequencing...
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GSE83521/GSE89143去除批次效應(yīng)老大在群里出的題勇垛，說感覺這個(gè)熱圖很詭異，然后中間我自己沒有用boxplot查看數(shù)據(jù)的表達(dá)量士鸥，對(duì)于數(shù)據(jù)不能有正確的認(rèn)識(shí)，導(dǎo)致一開始的deg的log...
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學(xué)會(huì)正確選擇多序列比對(duì)（coding-sequences）軟件前幾天烤礁，實(shí)驗(yàn)室的師弟師妹通過本地blast獲取一些沒有基因組注釋物種的蛋白編碼序列讼积。原本以為可以快速地進(jìn)行下一步的選擇壓力分析，沒想到卻在多序列...
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那令人困惑的比對(duì)工具選擇啊~
寫在前面的廢話 我可能不適合做科研勤众，因?yàn)槲铱偸菍?duì)一些“沒有必要”的事斤斤計(jì)較~ 剛開始接觸二代測(cè)序時(shí)，是跟著Jimmy大神從RNA-seq開始入...
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轉(zhuǎn)錄組PCR去重原始數(shù)據(jù)查看： grep '^@' ctr.R1.fq | sort |uniq|wc -l27787625 也就是乘以四后的行數(shù)鲤脏，即fq的na...
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Hisat2,bwa,bowtie2,STAR,samtools的index之前只是自己用bowtie2和bwa建過index,直到這個(gè)東西的作用就是加快比對(duì)到參考基因組上的速度吕朵，但是不同比對(duì)軟件的index是不通用的，...
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比PCA高級(jí)的t-SNE也存在缺點(diǎn)原文地址 1.簡(jiǎn)單介紹 t-SNE(t-distributed stochastic neighbor embedding)是用于降維的一種機(jī)器...
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統(tǒng)計(jì)-R(相關(guān)系數(shù))與R^2(決定系數(shù))傻傻分不清讀文獻(xiàn)時(shí)边锁，有時(shí)求相關(guān)系數(shù)，有時(shí)求擬合優(yōu)度波岛，到底都是什么呢茅坛？ 先給結(jié)論，R與R^2沒有關(guān)系则拷，就如同標(biāo)準(zhǔn)差與標(biāo)準(zhǔn)誤差沒有關(guān)系一樣贡蓖。 1. 相關(guān)系數(shù)（...
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