我梳理了GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析的整個流程褂策,并提供了基本的命令横腿,用到的軟件包括BWA颓屑、samtools、gatk耿焊、Plink揪惦、Admixture...
專題公告
全基因組關(guān)聯(lián)分析(Genome wide association study,GWAS)是對多個個體在全基因組范圍的遺傳變異(標記)多態(tài)性進行檢測搀别,獲得基因型,進而將基因型與可觀測的性狀尾抑,即表型歇父,進行群體水平的統(tǒng)計學(xué)分析,根據(jù)統(tǒng)計量或顯著性 p 值篩選出最有可能影響該性狀的遺傳變異(標記)再愈,挖掘與性狀變異相關(guān)的基因榜苫。