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TCGA 更新后矩陣整理方式
最近TCGA更新了蒂萎，下載研究一下栋操，我們從TCGA下載STAD的數(shù)據(jù)案铺，選擇其中的一個打開储藐，發(fā)現(xiàn)了一個好消息那就是矩陣的整合難度降低了，而且提供TP...

3.4 愛吃西瓜的呆鵝 2 34
聽說你想要TCGA的miRNA表達(dá)數(shù)據(jù)
以前都是直接拿前體數(shù)據(jù)去處理唉锌，今天偶然在群里看到试读，想用isform做一下試試。我非常喜歡gdc-client這個官方下載工具,它的數(shù)據(jù)以樣本的方...

0.9 小潔忘了怎么分身 5 12

TCGA數(shù)據(jù)的一致性聚類實(shí)戰(zhàn)和可視化
通過不同的聚類算法椿肩，依據(jù)不同的基因或指標(biāo)給樣本聚類瞻颂，是數(shù)據(jù)挖掘文章里面經(jīng)常出現(xiàn)的操作咯。接下來要寫寫不同聚類方法的介紹和代碼實(shí)現(xiàn)啦郑象。 1.輸入數(shù)...

1.9 小潔忘了怎么分身 5 28
實(shí)戰(zhàn)-TCGA數(shù)據(jù)的NMF聚類和可視化
0.NMF NMF是非負(fù)矩陣分解贡这，也是常用的劃分亞組（亞型）的聚類方法之一咯。代碼主要參考了幫助文檔和曾老板的博客：http://www.bi...

2.5 小潔忘了怎么分身 8 37
寶藏R包tinyarray：常用圖表一鍵收走
最近抽空整理了以前寫的函數(shù)厂榛，規(guī)范tinyarray包盖矫，反復(fù)檢查和優(yōu)化丽惭，調(diào)整了好久，終于得到下面的check結(jié)果今天把他提交到CRAN了(是提交...

2.5 小潔忘了怎么分身 2 43
相關(guān)性網(wǎng)絡(luò)圖
寫在前面我8月26號踏著歡快的腳步回家度假炼彪，原計(jì)劃9月5號回珠海吐根，結(jié)果返程飛機(jī)被連環(huán)取消了三次，我滯留在家5天了辐马，已經(jīng)搭好戲臺子在家講課拷橘，打算等...

1.0 小潔忘了怎么分身 4 16
利用ggcor包繪制相關(guān)性組合圖及環(huán)狀熱圖
ggcor包最初是因?yàn)槟芸焖賹?shí)現(xiàn)19年Science一組合相關(guān)性圖(上圖所示)變得流行起來，除此該包對熱圖喜爷、熱圖等等的可視化都是很方便快捷的冗疮，除...

1.9 凱凱何_Boy 3 31

九、隨機(jī)森林
1.準(zhǔn)備輸入數(shù)據(jù) 輸入數(shù)據(jù)是腫瘤樣本表達(dá)矩陣exprSet檩帐、臨床信息meta 2.構(gòu)建隨機(jī)森林模型輸入數(shù)據(jù)是表達(dá)矩陣(僅含tumor樣本)和對...

0.9 白米飯睡不醒 0 11
十术幔、SVM
svm 1.準(zhǔn)備輸入數(shù)據(jù) 2.構(gòu)建支持向量機(jī)模型 2.1.切割數(shù)據(jù) 用R包c(diǎn)aret切割數(shù)據(jù)，生成的結(jié)果是一組代表列數(shù)的數(shù)字湃密，用這些數(shù)字來給表達(dá)...

0.2 白米飯睡不醒 0 3