TCGA腫瘤數(shù)據(jù)庫知識圖譜視頻課程學(xué)習(xí)筆記 - 專題

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TCGA數(shù)據(jù)庫下載：多種方法及優(yōu)缺點介紹
在TCGA數(shù)據(jù)庫下載文件有很多種方法：一.利用R語言下載（本文重點介紹這個）方法1：TCGAbiolinks包（首推這個方法Ｊ缯啤！目前沒發(fā)現(xiàn)明...

3.4 mayoneday 3 31
TCGA數(shù)據(jù)挖掘二：基因差異分析
加載之前下載并保存的文件注意：這里介紹的差異分析方法有三種蝶念，其中l(wèi)imma是最經(jīng)典的抛腕，但是limma是必須接受log之后的值，才能正確算出差異...

3.1 mayoneday 4 30

TCGA數(shù)據(jù)挖掘三：針對不同因素和不同方法的生存分析
加載并處理數(shù)據(jù) 針對臨床資料某一因素祸轮，如年齡兽埃，性別等進行生存分析，并畫圖針對基因的生存分析：方法一：挑選感興趣的基因做生存分析針對基因的生存...

2.0 mayoneday 2 19
TCGA數(shù)據(jù)挖掘四：coxh生存模型做森林圖

0.9 mayoneday 4 9
TCGA數(shù)據(jù)挖掘五：突變數(shù)據(jù)畫圖
一.整理并加載數(shù)據(jù) （這里沒有把整理數(shù)據(jù)步驟放進去适袜，直接加載的已經(jīng)整理好的maf文件）二.把基因突變情況可視化三.畫基因突變瀑布圖縱是基因...

1.3 mayoneday 1 11
TCGA-301-數(shù)據(jù)下載方式導(dǎo)言
TCGA-301-數(shù)據(jù)下載方式導(dǎo)言老大已給出鏈接下載這些數(shù)據(jù)需要用GDC軟件下載數(shù)據(jù)后的理解很重要

小夢游仙境 0 0
TCGA-205-文章規(guī)律講解
TCGA-205-文章規(guī)律講解三種規(guī)律1.Signatures2.WGCNALASSOCOX3.ceRNA(近五年熱點) 1.Part 1 -...

0.3 小夢游仙境 0 3

TCGA-204-使用firehose網(wǎng)頁工具
TCGA-204-使用firehose網(wǎng)頁工具 ucsc中的xena整理的數(shù)據(jù)非常全柄错，但這個瀏覽器只能做感興趣的一個一個基因，當(dāng)我們沒有感興趣的...

1.2 小夢游仙境 0 7
TCGA視頻課程筆記（上）
TCGA-101-課程介紹-需要哪些背景知識基于TCGA28篇教程掌握以下基礎(chǔ)知識：概念苦酱、研究范圍售貌、數(shù)據(jù)來源、數(shù)據(jù)存儲疫萤、數(shù)據(jù)格式颂跨、癌癥相關(guān)...

2.9 小夢游仙境 3 19