一阻课、在NCBI上下載rRNA的fasta序列，用于建立索引 1.參考：https://ucdavis-bioinformatics-traini...

phyloseq: 擴(kuò)增子統(tǒng)計分析利器 phyloseq包對多類型數(shù)據(jù)的綜合軟件习寸，并其對這些數(shù)據(jù)提供統(tǒng)計分析和可視化方法。 介紹 ??微生物數(shù)據(jù)...

導(dǎo)讀 Miseq 16S amplicon V3V4 PE300測序是目前菌群結(jié)構(gòu)譜研究最為常用的測序手段。本文將以此類測序的下機(jī)數(shù)據(jù)為例展示“...

導(dǎo)讀 多樣性分析是16S測序分析中常見的分析方法感憾。本文旨在向初學(xué)者介紹多樣性分析中alpha多樣性和beta多樣性的由來、概念令花、計算阻桅，以及展示“...

導(dǎo)讀 前面已經(jīng)介紹了獲取菌屬相對豐度表的方法凉倚，以及多樣性分析中的基本概念和計算方法。接下來將開始介紹一種尋找組間差異細(xì)菌的常用方法LEfSe嫂沉。L...

導(dǎo)讀 MaAsLin（Multivariate Analysis by Linear Models稽寒，多變量線性回歸模型）功能：相關(guān)性分析特點(diǎn)：多...

導(dǎo)讀 用隨機(jī)森林“分類”的方法尋找16S測序數(shù)據(jù)中與分組有關(guān)的細(xì)菌。 一趟章、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 標(biāo)準(zhǔn)化細(xì)菌豐度表格式要求：不用放樣本ID杏糙；最后一列放分組變量...

注意：這篇教程是作者寫于兩年前的，但這個領(lǐng)域已經(jīng)發(fā)生了許多變化蚓土。如果你是做16s分析的宏侍，你可以考慮使用QIIME2[https://docs.q...

背景 宏基因組組裝，即把短的reads拼裝成連續(xù)的序列contig蜀漆，再根據(jù)PE等關(guān)系將contig拼裝成scaffold谅河。與單個基因組組裝不同，...