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2021-03-26 QC1.0基于缺失率的過濾
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2020-01-14 如何合并VCF文件
因為一直在練手GWAS分析，所以剛開始Call SNP的時候是單個個體call的，后面就需要把這些不同vcf合并。 琢磨兩天后，發(fā)現bcftoo...
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[vcftools,bcftools]vcf 文件多個合并用于vcftools 轉plink
建立索引由驹，最新版的bcftools 1.11 支持不壓縮排序，不過vcf 中染色體順序要與header中的一致New --no-index wh...
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8. GWAS：親緣關系——TASSEL&GCTA? 指在非家系群體或系譜不明確的群體中兩特定材料之間的遺傳相似度與任意材料之間的遺傳相似度的相對值； ? 材料間不平衡的血緣關系是導致標記出現非...
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plink計算近交系數
1.提取個體list bcftools query -l SNP.filtered.vcf > ind.txt 2.計算近交系數 # 不能有mu...
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ROH祭椰、近交系數、親緣系數疲陕、IBD方淤、IBS連續(xù)純合片段（runs of homozygosity, ROH）是親代將同源相同的單倍型傳遞給子代而形成的，基于ROH計算的基因組近交系數是個...
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2018-11-06 GWAS實戰(zhàn)（七）plink 進階之關聯(lián)分析這一節(jié)說的是association analysis 也是我們分析單標記回歸得到的結果（P值）的一步蹄殃，這一步的結果可以用來與我第一講 聯(lián)合起來携茂，...
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2018-11-05 GWAS實戰(zhàn)（六）plink 進階之主成分分析和群體分層要學習這一節(jié)，首先是要學習什么是主成分诅岩，什么是聚類這個我一直有點搞混讳苦，可以百度谷歌查一查http://www.cnblogs.com/pinar...
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2018-11-02 GWAS實戰(zhàn)（五）plink 進階之數據過濾一條命令
之前講了太多的很細的數據分析和過濾带膜，在實戰(zhàn)中，一般可以把命令寫在一起鸳谜。 這張圖片對比了數據summary和數據過濾的命令之間的差異膝藕。 對于我們自...
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2018-10-31 GWAS實戰(zhàn)（三）plink 進階之認識常用文件格式學會了基本的plink之后，就要開始學習了解輸入文件的格式了咐扭。詳細的格式建議看官網因為之前以及接觸過幾次芭挽，這里來個詳細的歸總主要認識 ped m...
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