腫瘤不是單純的惡性細(xì)胞群劫恒，而是由不同類型細(xì)胞組成的復(fù)雜生態(tài)系統(tǒng)。在這些細(xì)胞中蒸殿，腫瘤浸潤免疫細(xì)胞在腫瘤控制和治療反應(yīng)中起著核心作用。例如，細(xì)胞毒性...
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免疫浸潤分析方法 -
測序數(shù)據(jù)簡單分析流程2021/03/25 一、測序數(shù)據(jù)下載 NCBI SRA 數(shù)據(jù)庫 【使用說明[https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Tr...
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estimate 包所有函數(shù)超詳細(xì)解讀及計(jì)算免疫浸潤評(píng)分estimate包可以通過RNA-seq的數(shù)據(jù)來計(jì)算標(biāo)本的免疫及機(jī)制評(píng)分，進(jìn)而評(píng)估腫瘤的純度植兰，其原理通過特征的腫瘤的RNA-seq的signtu...
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CIBERSORT 免疫浸潤(2023.1.2更新版)目前主流的免疫浸潤計(jì)算方法是CIBERSORT和ssgsea，今天介紹CIBERSORT璃吧。 1.輸入數(shù)據(jù)要什么 下面這段話摘自CIBERSORT...
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對(duì)于多表型數(shù)據(jù)如何利用limma包進(jìn)行差異基因分析
寫在前面最近在做GSVA楣导，做到我有點(diǎn)自閉，不是因?yàn)檫@個(gè)算法有多難畜挨，而是他所耗費(fèi)的時(shí)間有點(diǎn)夸張筒繁。加上校園網(wǎng)這兩天時(shí)不時(shí)“調(diào)皮”一下，做了兩次巴元，等了...
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數(shù)據(jù)分析：基于DESeq2結(jié)果的基因富集分析介紹 DESeq2常用于識(shí)別差異基因毡咏，它主要使用了標(biāo)準(zhǔn)化因子標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)據(jù)，再根據(jù)廣義線性模型判別組間差異（組間殘差是否顯著判斷）务冕。在獲取差異基因結(jié)...
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箱線圖血当、熱圖、火山圖、PCA臊旭、韋恩圖全部擁有0.輸入數(shù)據(jù) 在生信星球公眾號(hào)聊天窗口回復(fù)exp777即可獲取落恼，里面的數(shù)據(jù)如下： 我的小R包，從寫著玩到用起來离熏，日漸豐滿了佳谦。今天的更新，1.5以...
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maSigpro建模代碼分析之make.design.matrix前言 之前我們介紹了maSigpro的基本建模方式：分析時(shí)間序列的RNA-seq tool[http://www.reibang.com/p/...
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高通量測序數(shù)據(jù)處理學(xué)習(xí)記錄（三）：Pathway Analysis及GSEAPathway Analysis討論及基因富集分析軟件（Gene Set Enrichment Analysis滋戳，GSEA）使用實(shí)戰(zhàn) 在所有物是...
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GSVA + limma進(jìn)行差異通路分析
一般我們做GSEA都是先進(jìn)行差異基因分析钻蔑，然后取差異倍數(shù)排序結(jié)果進(jìn)行GSEA。但如果你沒有條件進(jìn)行差異基因分析也可以進(jìn)行GSEA奸鸯，這就是ssGS...
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