甲基化數(shù)據(jù)分析 - 專題

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表觀遺傳學(xué): DNA甲基化
DNA甲基化是一種被廣泛研究的表觀遺傳修飾方式毫别，與組蛋白修飾等方式一起玷过，在調(diào)控基因表達(dá)和染色質(zhì)構(gòu)象等方面發(fā)揮了重要作用霞扬。通常地捧灰，甲基化DNA指5...

1.2 大王福不福 1 29
MethyIC-Seq是什么芥备？和BS-Seq的關(guān)系是什么塞耕？
從根本上說儡羔，MethylC-Seq技術(shù)實際上就是Bisulfite Sequencing (BS-Seq)方法的優(yōu)化版本煤篙≌謇溃或者談不上優(yōu)化，個人理...

0.8 桁_COLA 0 6

群體遺傳學(xué)親緣關(guān)系分析
親緣關(guān)系分析實操前期準(zhǔn)備給標(biāo)記加上ID SNP data通常都是以VCF格式文件呈現(xiàn)辑奈，拿到VCF文件的第一件事情就是添加各個SNP位點的ID...

4.2 EwanH 14 40
vcftools
vcftools是一種可以對VCF文件和BCF文件進(jìn)行格式轉(zhuǎn)換及過濾的工具苛茂，其中很多過濾及計算功能我們可以自己使用perl或者python編寫腳...

2.5 oddxix 6 42
GWAS之表型最優(yōu)無偏預(yù)測（BLUP)與遺傳力計算
表型分析之最優(yōu)無偏預(yù)測最佳線性無偏預(yù)測（Best Linear Unbiased Prediction，簡稱BLUP）可以對多環(huán)境數(shù)據(jù)進(jìn)行整合...

3.4 caumine 14 61 3
關(guān)于SNP的過濾（1）：如何使用vcftools進(jìn)行SNP過濾
前言很多關(guān)注我這個專題的朋友都在后臺留言鸠窗，說想了解更多關(guān)于SNP過濾的東西妓羊。是的，確實這是一個比較重要的問題稍计。第一躁绸，過濾到一些低質(zhì)量的SNP可...

4.8 lakeseafly 11 75
甲基化套路
和甲基化有關(guān)的〕枷可以先了解下甲基化：450k甲基化基礎(chǔ)450K甲基化芯片數(shù)據(jù)處理傳送門450k甲基化芯片常用工具包：ChAMP和minfi等净刮。 ...

1.9 Bio_Learner 0 36

基因注釋
前情提要搞NGS，注釋文件是我們經(jīng)常需要用到的茧球。但是不同的實驗室偏愛的數(shù)據(jù)庫各不相同庭瑰，甚至同一個課題組的小伙伴都會選擇不同來源的數(shù)據(jù)庫。那么不...

2.1 超級無敵大蝸牛 1 37
「聚類分析」16聚類分析之KMeans算法與K中心點算法
1.聚類聚類屬于無監(jiān)督式學(xué)習(xí)抢埋。在無監(jiān)督式學(xué)習(xí)中弹灭，訓(xùn)練樣本的標(biāo)記信息是未知的督暂，算法通過對無標(biāo)記樣本的學(xué)習(xí)來揭示蘊含于數(shù)據(jù)中的性質(zhì)和規(guī)律。聚類算法...

0.1 林拂曉 0 4
[富集分析] 2穷吮、clusterprofile富集分析--上游分析
1逻翁、富集分析的背景知識 - 簡書 (jianshu.com)[http://www.reibang.com/p/0b938d0e652c]2、...

2.0 小貝學(xué)生信 1 35