要說尋找公共芯片測(cè)序數(shù)據(jù)大家都知道上 GEO 查找禀苦，其實(shí) EBI 也有個(gè)叫 ArrayExpress 的網(wǎng)站(網(wǎng)址ArrayExpress < ...
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從 EBI ArrayExpress 獲取芯片數(shù)據(jù)
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一個(gè)不一樣的NCBI下載方法之前在twitter上看見一個(gè)老哥開發(fā)了一個(gè)網(wǎng)站 sra-explorer，大致意思就是能夠解析你輸入的SRA號(hào)抵怎，比如說GSEXXX浓恶，SRPXX...
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挖掘SRA的輔助小工具（NCBI高通量測(cè)序數(shù)據(jù)收錄庫(kù)）寫在前面 伴隨高通量測(cè)序技術(shù)的普及，海量的測(cè)序數(shù)據(jù)被產(chǎn)生并上傳到網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)结笨，如NCBI SRA包晰。我們每個(gè)人都可以很輕易地獲得這些數(shù)據(jù)，并用于有生...
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Fastq-dump: 一個(gè)神奇的軟件現(xiàn)在可以用fasterq-dump, 速度更快炕吸，請(qǐng)閱讀都8102年了伐憾，還用fastq-dump，快換fasterq-dump吧 做生信的基本上都...
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自編SRA數(shù)據(jù)高速下載腳本
每次在SRA上面下數(shù)據(jù)都要打命令赫模，太煩了树肃，于是自己寫了個(gè)小shell腳本，能夠快速地下載并解壓SRA數(shù)據(jù)瀑罗，方便使用胸嘴。 主程序如下 downloa...
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如何判斷二代測(cè)序的來源平臺(tái)
上傳數(shù)據(jù)時(shí)發(fā)現(xiàn)一個(gè)有趣的問題，自己不知道數(shù)據(jù)來自于哪個(gè)illumina的哪個(gè)測(cè)序平臺(tái)斩祭，所以整理下如何根據(jù)FASTQ的標(biāo)識(shí)行分析測(cè)序數(shù)據(jù)的來源 F...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘-使用GEOquery包
健明大神說過若是想學(xué)會(huì)使用R包劣像，就去看那個(gè)包的說明書，因此去學(xué)習(xí)了GEOquery包說明書摧玫。翻譯不當(dāng)之處請(qǐng)去看原文耳奕。文章來源：http://ww...
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R語(yǔ)言練習(xí)題10道，有答案代碼，還有視頻來源：http://www.bio-info-trainee.com/3750.html答案：https://github.com/jmzeng...
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高通量測(cè)序數(shù)據(jù)處理學(xué)習(xí)記錄（五）：上傳二代測(cè)序數(shù)據(jù)到GEO前言 實(shí)驗(yàn)室最近有一批數(shù)據(jù)在發(fā)表文章之前需要上傳到GEO Gene Expression Omnibus屋群。所以記錄下上傳數(shù)據(jù)的流程給大家借鑒闸婴。 ...
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SRA 數(shù)據(jù)下載自救指南還在羨慕海峽那邊的朋友下載SRA 快到飛起？還在難過用wget 下載數(shù)據(jù)經(jīng)常下載不完整芍躏？用了官方的下載工具還是慢的不行邪乍？這里有一個(gè)SRA 下載自...
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