CIBERSORTx是一種在線工具窥浪，用于對(duì)單細(xì)胞RNA測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行免疫細(xì)胞類型比例分析愤钾。如果您需要離線使用CIBERSORTx，可以按照以下步驟...
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R語(yǔ)言實(shí)現(xiàn)-CIBERSORTx曲卷積
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使用Cicero包進(jìn)行單細(xì)胞ATAC-seq分析（三）：Single-cell accessibility trajectories
往期精選 使用Signac包進(jìn)行單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)分析（一）：Analyzing PBMC scATAC-seq使用Signac包進(jìn)行單...
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使用Cicero包進(jìn)行單細(xì)胞ATAC-seq分析（二）：Constructing cis-regulatory networks
往期精選 使用Signac包進(jìn)行單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)分析（一）：Analyzing PBMC scATAC-seq使用Signac包進(jìn)行單...
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使用Cicero包進(jìn)行單細(xì)胞ATAC-seq分析（一）：Cicero introduction and installation
往期精選 使用Signac包進(jìn)行單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)分析（一）：Analyzing PBMC scATAC-seq使用Signac包進(jìn)行單...
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使用Signac包進(jìn)行單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)分析（四）：Merging objects
當(dāng)合并多個(gè)單細(xì)胞染色質(zhì)數(shù)據(jù)集時(shí)锯蛀，我們必須注意到，如果每個(gè)數(shù)據(jù)集都是獨(dú)立的進(jìn)行peak calling次慢，則它們得到的peaks可能不是完全一致的旁涤。...
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使用Signac包進(jìn)行單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)分析（三）：scATAC-seq data integration
在本教程中，我們將學(xué)習(xí)使用Signac包對(duì)多樣本的scATAC-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行整合分析迫像。這里劈愚，我們對(duì)來(lái)自10x Genomics和sci-ATA...
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使用Signac包進(jìn)行單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)分析（二）：Motif analysis with Signac
在本教程中，我們將學(xué)習(xí)使用Signac包進(jìn)行DNA序列的motif富集分析闻妓。Signac包可以使用兩種互補(bǔ)的方法進(jìn)行motif分析：一種是通過(guò)在...
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使用cellassign包進(jìn)行單細(xì)胞類型注釋分析（二）：Assigning single-cells to known cell types with CellAssignBasic usage 這里菌羽，我們使用cellassign包自帶的示例數(shù)據(jù)簡(jiǎn)單演示其基本用法。首先由缆，加載相關(guān)的R包和示例數(shù)據(jù)： 接下來(lái)注祖，我們計(jì)算...
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使用cellassign包進(jìn)行單細(xì)胞類型注釋分析（一）：Constructing marker genes from purified scRNA-seq datacellassign包簡(jiǎn)介 cellassign基于marker基因的信息自動(dòng)將單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)分配注釋到已知的細(xì)胞類型中。它以mark...
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使用SnapATAC分析單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)（一）: SnapATAC簡(jiǎn)介與安裝SnapATAC簡(jiǎn)介 SnapATAC (Single Nucleus Analysis Pipeline for ATAC-seq) 是一個(gè)能...
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