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ggplot2繪制GO注釋二級分類統(tǒng)計(jì)圖 -
用R畫GO注釋二級分類統(tǒng)計(jì)圖原文來自生信菜鳥團(tuán)援雇，又添加了三個配色！ 備注： 參考http://www.biotrainee.com/thread-242-1-1.htmlh...
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測序了臣嚣，然后呢（四）有了OrgDb才能進(jìn)行富集分析劉小澤寫于19.1.20-21要進(jìn)行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每個基因?qū)?yīng)什么樣的GO/KEGG分類剥哑，OrgDb就是存儲不同數(shù)據(jù)庫基因...
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「Bioconductor」再次提醒硅则，研究植物的不要輕易相信你用的注釋包有人說Y叔的clusterpofiler的GO注釋結(jié)果和其他工具不一樣，后來詢問株婴，發(fā)現(xiàn)分析物種是擬南芥怎虫。這就讓我想起了我之前的一篇文章，「Bio...
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KEGG pathway 注釋整理
KEGG pathway 注釋整理 獲得KEGG注釋 通過eggnog-mapper和interproscan兩個軟件(或數(shù)據(jù)庫)，可以獲得KE...
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interpro 注釋結(jié)果簡單分析及可視化Interpro數(shù)據(jù)庫 Interpro是集成了蛋白質(zhì)家族大审、結(jié)構(gòu)域和功能位點(diǎn)的非冗余蛋白質(zhì)特征序列數(shù)據(jù)庫蘸际， Interpro數(shù)據(jù)庫成員包括Coi...
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InterProscan 輸出格式
InterProscan 是一個比較強(qiáng)大的核酸/蛋白序列注釋程序。使用命令入下： tsv 輸出格式如下： 很好饥努，很強(qiáng)大的功能~
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「生信」基因組功能注釋后的基因篩選目錄寫在前面功能注釋數(shù)據(jù)庫介紹方法一: 以KEGG的注釋結(jié)果為主, 篩選出每個品種包含的特異通路及基因方法二: 利用pfam的注釋結(jié)果, 過濾掉...
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De novo 基因組GO 注釋小窗口關(guān)于GO 注釋的心得體會 目前對于GO功能注釋的思路有 以下常見的四種： 1捡鱼、BLAST+InterProScan => OmicsBox 可以...
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GO注釋結(jié)果整理對于非模式生物或者無參考基因組的項(xiàng)目，經(jīng)常需要進(jìn)行基因的功能注釋酷愧，而GO注釋是基因功能注釋的重要部分驾诈。有很多軟件能夠獲得GO注釋的信息，例如in...
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