還在利用hisat, tophat這些耳熟能詳?shù)能浖ead比對到基因組（轉(zhuǎn)錄組）上犯戏，然后統(tǒng)計每個基因的count數(shù)么为肮？試試這些不需要比對秩霍，速...
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基因表達分析（前傳）-準備count矩陣
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基因表達分析（中）- 富集分析
回顧 首先對基因表達分析（上）做一個簡單的回顧 研究基因表達的有如下工具：RNA-Seq淮菠，microarray赚瘦， qRT-PCR等（歡迎補充） ...
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基因表達分析（上）- 差異表達分析基因表達 什么是基因表達苔悦，如下是來自于維基百科的解釋： 研究方法 定量PCR 這部分我不太懂介时，所以就放幾段百度百科和維基百科的定義狂魔。 百度百科 ...
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RNA-seq用hisat2蒜埋、stringtie、DESeq2分析一最楷、安裝軟件 1整份、HISAT2 將reads比對到基因組上 2待错、StringTie 將比對好的reads進行拼裝并預計表達水平 3、SAM to...
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StringTie參數(shù)備忘
StringTie 參考鏈接： https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=man...
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生信媛公眾號文章目錄
這資源實在太贊烈评，情不自禁想要分享與大家一同學習火俄。我是一個不喜歡用手機看公眾號文章的人，但與每一個生信入門者一樣急切的需要干貨資源得以入門進階讲冠，這...
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StringTie在注釋基因組時的注意事項
在利用RNA-seq注釋基因組時瓜客，有一個問題就是，我將不同組織來源的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和參考基因組比對之后沟启，那下一步是1）先將這三個比對結(jié)果進行合并忆家，然...
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RNA-seq練習 第三部分（DEseq2篩選差異表達基因,可視化）DEseq2篩選差異表達基因并注釋(bioMart) DESeq2對于輸入數(shù)據(jù)的要求1.DEseq2要求輸入數(shù)據(jù)是由整數(shù)組成的矩陣。2.DESe...
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RNA-seq(9):功能富集分析這部分開始進行基本的富集分析德迹，兩類 A：差異基因富集分析（不需要表達值芽卿，只需要gene name） B: 基因集(gene set)富集分析（不...
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RNA-seq(10):KEGG通路可視化:gage和pathview這部分直接從上部分RNA-seq(9):富集分析(功能注釋)[http://www.reibang.com/p/5d82acad6008]的數(shù)...
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1881898/2.jpg', '推薦專題《RNA-seq》（ 分享自 @簡書 ）','http://www.reibang.com/c/c00cbe1979b5?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','頁面編碼gb2312|utf-8默認gb2312'));){kind=link}