hisat2+stringtie for ((i=2064449;i<2064457;i++)); do hisat2 -p 2 --dta -...
投稿
收錄了18篇文章 · 5人關(guān)注
-
hisat2+stringtie+deseq2分析RNA-SEQ數(shù)據(jù)
-
關(guān)于readsCount、RPKM/FPKM、RPM(CPM)、TPM的理解
背景 feature 定義：基因組上對具有不同性質(zhì)區(qū)域的定義 (例如：gene/exon/intron/miRNA等)卧斟。 優(yōu)點(diǎn)：利于分類整理結(jié)果...
-
構(gòu)建自己物種的orgDb
1.首先安裝eggnog-mapper軟件 注釋所需要的物種數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址如下，同時(shí)也可以用里面的腳本download_eggnog_data.py...
-
samtools軟件從bam文件提取目標(biāo)序列可以使用samtools fastq命令從bam文件中提取特定的fastq序列憎茂。使用幫助 Flags對應(yīng)的意義如下：BAM比對文件中flags對...
-
比對拼接出新的轉(zhuǎn)錄本(以擬南芥為例)在RNA-seq分析中珍语，有一個(gè)步驟是將比對好的片段(alignments)重新組裝(assembly)成全長轉(zhuǎn)錄本(full-length tr...
-
HISAT2 建立索引警告和比對時(shí)報(bào)錯(cuò)解決方案
tags： HISAT2 RNA-seq HISAT2 發(fā)表的文章中強(qiáng)調(diào)了它的速度很快，我就測試了一下這個(gè)工具竖幔。 HISAT2 建立索引： 然而...
-
Salmon 使用說明
salmon quant 有兩種類型一種使用raw reads 另一種用已經(jīng)比對好的序列（BAM/SAM格式）板乙，這種算法依賴于salmon qu...
-
有參轉(zhuǎn)錄組分析
1hisat2 1.1介紹 ? 總體上來說HISAT利用了BWA和Bowtie的算法，同時(shí)解決了mRNA中不存在內(nèi)含子難以比對的問題拳氢，比對上代主...
-
用Python提取FASTA中最長轉(zhuǎn)錄本在對拼裝或者數(shù)據(jù)庫下載的序列文件進(jìn)行下一步分析時(shí)募逞，我們通常會(huì)對序列進(jìn)行去冗余操作，其中經(jīng)常需要提取同一個(gè)‘gene’的最長轉(zhuǎn)錄本饿幅，所以動(dòng)手用py...
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1814162/IMG_0707.JPG', '推薦專題《轉(zhuǎn)錄組》（ 分享自 @簡書 ）','http://www.reibang.com/c/c2489a32cfbe?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','頁面編碼gb2312|utf-8默認(rèn)gb2312'));){kind=link}