轉(zhuǎn)錄組分析 - 專題

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RNA-seq上游分析的最后一站：featureCounts
官網(wǎng)：http://bioinf.wehi.edu.au/featureCounts/法牲。featureCounts與subread虏杰、subjun...

1.6 javen_spring 0 26
轉(zhuǎn)錄組分析6——GO/KEGG富集分析
莎莎寫于2020.5.2這是5月堅持的第2天，要一直堅持寫啊腋腮，加油! 差異基因的功能注釋和富集分析: ? GO和KEGG富集分析? 基因集富集分...

4.2 豬莎愛學(xué)習(xí) 0 38

轉(zhuǎn)錄組分析5——差異表達分析
差異表達分析內(nèi)容：? 基因表達量的標準化方法及可視化? counts雀彼，RPKM壤蚜，F(xiàn)PKM，TPM? PCA圖徊哑、熱圖等? 差異表達分析及可視化? ...

11.5 豬莎愛學(xué)習(xí) 4 121
【Bioconductor系列】如何用Bioconductor對基因組注釋
這一次袜刷，我們來聊聊基因組注釋。首先問自己一個問題莺丑，為什么要進行基因注釋著蟹。就我目前而言，它用來解決如下問題：在mapping-by-sequen...

3.9 xuzhougeng 13 77
轉(zhuǎn)錄組入門(8): 富集分析
我們統(tǒng)一選擇p<0.05而且abs(logFC)大于1的基因為顯著差異表達基因集窒盐，對這個基因集用R包做KEGG/GO超幾何分布檢驗分析草则。然后把表...

3.8 xuzhougeng 11 86 1
轉(zhuǎn)錄組入門（7）：差異表達分析
這個步驟推薦在R里面做，載入表達矩陣蟹漓，然后設(shè)置好分組信息炕横，統(tǒng)一用DEseq2進行差異分析，當(dāng)然也可以走走edgeR或者limma的voom流程葡粒。...

7.7 xuzhougeng 25 148
FPKM/RPKM都是錯的份殿，那還有哪些標準化方法
目錄 1. 標準化 1.1. House-keeping gene(s) 1.2. spike-in 1.3. CPM 1.4. TCS 1.5...

0.1 小白要變大神 1 7

轉(zhuǎn)錄組入門(6)： reads計數(shù)
要求實現(xiàn)這個功能的軟件也很多，還是煩請大家先自己搜索幾個教程嗽交，入門請統(tǒng)一用htseq-count卿嘲，對每個樣本都會輸出一個表達量文件。需要用腳本...

2.4 xuzhougeng 12 40