IBS是指兩個(gè)個(gè)體中共有的等位基因序列相同白魂，IBS的遺傳距離可以衡量樣本間的相似性闰渔，評(píng)價(jià)其親緣關(guān)系。
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IBS距離矩陣
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曼哈頓圖的繪制
在生信分析中黍氮，我們都需要借助曼哈頓圖來(lái)可視化Fst、iHS等選擇信號(hào)的分析結(jié)果隆夯，那么噪沙，如何繪制曼哈頓圖呢？ 我們這里使用R語(yǔ)言中的qqman包來(lái)...
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群體遺傳研究——變異注釋--snpEff和ANNOVARsnpEff snpEff4.0軟件之后默認(rèn)下載安裝所有動(dòng)物的庫(kù)（ensembl的庫(kù)） 但是ensembl的庫(kù)有個(gè)缺點(diǎn)就是注釋出來(lái)的基因是ens...
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2021.11.19 | 群體遺傳結(jié)構(gòu)哄辣、PCA座掘、進(jìn)化樹(shù)
常見(jiàn)的群體結(jié)構(gòu)的分析方法有admixture分析递惋、系統(tǒng)發(fā)生數(shù)分析以及主成分分析等。 1溢陪、admixture分析 1）R語(yǔ)言繪圖 admixtur...
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群體遺傳變異——拷貝數(shù)變異分析基因組發(fā)生重排而導(dǎo)致的,一般指長(zhǎng)度1 kb 以上的基因組片段的拷貝數(shù)增加或者減少, 主要表現(xiàn)為亞顯微水平的重復(fù)或者缺失萍虽。因此稱(chēng)為“微”缺失/重復(fù)...
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群體適應(yīng)性分析——選擇信號(hào)●選擇信號(hào)：生物在自然選擇或人工選擇過(guò)程中，由于選擇作用在基因組上留下的遺傳多態(tài)性降低形真、連鎖不平衡等選擇印記杉编。●選擇性清除（selective ...
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動(dòng)物馴化及群體歷史研究●與馴化相關(guān)的研究熱點(diǎn)主要集中在：家養(yǎng)動(dòng)物何時(shí)何地被馴化咆霜？馴化途徑是什么邓馒？馴化表型是什么？與馴化表型相關(guān)的基因有哪些蛾坯？家養(yǎng)動(dòng)物馴化地點(diǎn)大致主要集...
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主成分分析
數(shù)據(jù)過(guò)濾質(zhì)控之后 PCA分析（gcta） 利用R繪圖
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群體進(jìn)化分析--基因流及群體歷史分析——我愿稱(chēng)之為史上最全基因流（也稱(chēng)基因遷移）是指從一個(gè)物種的一個(gè)種群向另一個(gè)種群引入新的遺傳物質(zhì)光酣，從而改變?nèi)后w“基因庫(kù)”的組成。通過(guò)基因交流向群體中引入新的等位基因脉课，...
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