結(jié)構(gòu)注釋 - 專題

投稿

收錄了15篇文章 · 1人關(guān)注

PASA（2.4.1）使用記錄
文章僅是記錄自己的學(xué)習(xí)使用，有錯(cuò)誤請(qǐng)指出，我立刻改正！官方說(shuō)明：https://github.com/PASApipeline/PASApip...

0.9 誰(shuí)冒充我小叮當(dāng) 3 15
基因注釋：基于SNAP+Augustus+GeneMark的maker3 pipeline
我使用的maker版本為3.01.04 第一輪：將已知基因比對(duì)到基因組包括兩個(gè)部分：??屏蔽重復(fù)序列??將已知的轉(zhuǎn)錄組/蛋白序列與基因組進(jìn)行比對(duì) ...

3.8 橙子_orange 5 43

使用TransDecoder尋找轉(zhuǎn)錄本中的編碼區(qū)
TransDecoder能夠從轉(zhuǎn)錄本序列中鑒定候選編碼區(qū)锚沸。這些轉(zhuǎn)錄本序列可以來(lái)自于Trinity的從頭組裝，或者來(lái)自于Cufflinks或者St...

1.4 xuzhougeng 4 15
braker2注釋流程
一：軟件安裝由于BRAKER2: 依賴AUGUSTUS 3.3, GeneMark-EX 4.33, BAMTOOLS 2.5.1, NCB...

0.7 多啦A夢(mèng)的時(shí)光機(jī)_648d 0 7
使用BRAKER2進(jìn)行基因組注釋(v 2.1.5版)
BRAKER2是一個(gè)基因組注釋流程，能夠組合GeneMark粒褒，AUGUSTUS和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。在使用軟件之前诚镰，有幾點(diǎn)需要注意下盡量提供高質(zhì)量的...

3.9 xuzhougeng 1 25
EVM 對(duì)預(yù)測(cè)結(jié)果進(jìn)行整合
從頭預(yù)測(cè)奕坟，同源注釋和轉(zhuǎn)錄組整合都會(huì)得到一個(gè)預(yù)測(cè)結(jié)果，EVidenceModeler(EVM) 可以對(duì)上述結(jié)果進(jìn)整合軟件安裝使用流程所需數(shù)據(jù)...

0.7 斬毛毛 1 11
如何對(duì)基因組序列進(jìn)行注釋
基因組組裝完成后清笨，或者是完成了草圖月杉，就不可避免遇到一個(gè)問(wèn)題，需要對(duì)基因組序列進(jìn)行注釋抠艾。注釋之前首先得構(gòu)建基因模型苛萎，有三種策略：從頭注釋(de ...

12.9 xuzhougeng 11 184 2

基因結(jié)構(gòu)注釋（4）：整合預(yù)測(cè)結(jié)果
參考鏈接如何對(duì)基因組進(jìn)行注釋[http://www.reibang.com/p/931e9821c45a] 從頭預(yù)測(cè)，同源注釋和轉(zhuǎn)錄組整合都...

1.7 周小釗 4 19
基因結(jié)構(gòu)注釋（3）：轉(zhuǎn)錄組預(yù)測(cè)
對(duì)于RNA-seq數(shù)據(jù)检号，有兩種使用策略腌歉，一種是使用HISAT2 + StringTie先比對(duì)再組裝, 一種是從頭組裝，然后使用PASA將轉(zhuǎn)錄本比...

2.6 周小釗 1 11
基于PASA進(jìn)行基因預(yù)測(cè)
PASA[http://pasa.sourceforge.net/], acronym for Program to Assemble** S*...

1.8 斬毛毛 4 11