bulk-RNAseq - 專題 - 簡(jiǎn)書(shū)

UCSC Genome Browser 使用之本地?cái)?shù)據(jù)上傳CyVerse或Github

最近嘗試在線使用UCSC Genome Browser進(jìn)行轉(zhuǎn)錄本的可視化，原以為它會(huì)和本地IGV的使用差不多皱埠，沒(méi)想到在上傳數(shù)據(jù)這一步就遇到了瓶頸...

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RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（十一）：WGCNA加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析——關(guān)聯(lián)基因模塊與表型

本節(jié)概覽1. WGCNA基本概念：定義、關(guān)鍵術(shù)語(yǔ)训枢、基本流程、一些注意事項(xiàng)2. WGCNA運(yùn)行：?輸入數(shù)據(jù)準(zhǔn)備①判斷數(shù)據(jù)質(zhì)量恒界，繪制樣品的系統(tǒng)聚類樹(shù)...

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RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（十）：PPI蛋白互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建（下）——Cytoscape軟件的使用

本節(jié)概覽：1. Cytoscape 軟件基本介紹2. 數(shù)據(jù)導(dǎo)入：蛋白互作節(jié)點(diǎn)信息導(dǎo)入、其他注釋信息的導(dǎo)入3. PPI網(wǎng)絡(luò)圖繪制：?選取部分節(jié)點(diǎn)展...

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RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（九）：PPI蛋白互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建（上）——STRING數(shù)據(jù)庫(kù)的使用

本節(jié)概覽：1.STRING數(shù)據(jù)庫(kù)基本介紹2.STRING R語(yǔ)言版——STRINGdb的使用：①STRINGdb數(shù)據(jù)庫(kù)導(dǎo)入 ②獲取STRING_...

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RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（零）：RNA-seq流程前的準(zhǔn)備——Linux與R的環(huán)境創(chuàng)建

前言：進(jìn)行RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)首先需要有一定的linux與R基礎(chǔ)，推薦跟著B(niǎo)站生信技能樹(shù)-jimmy老師學(xué)習(xí)打牢基礎(chǔ)：【生信技能樹(shù)】生信人應(yīng)該...

5.1 嘿嘿嘿嘿哈 1 57

RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（八）：GSVA——基因集變異分析

本節(jié)概覽：1.GSVA簡(jiǎn)單介紹2.基因集的下載讀取: 手動(dòng)與msigdbr包下載3.GSVA的運(yùn)行4.limma差異分析5.GSVA結(jié)果可視化：...

4.2 嘿嘿嘿嘿哈 0 45

RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（七）：GSEA——基因集富集分析

本節(jié)概覽：1.GSEA簡(jiǎn)單介紹2.創(chuàng)建GSEA分析所需的geneList，包含log2FoldChange和ENTREZID信息3.利用clus...

4.7 嘿嘿嘿嘿哈 5 59

RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（六）：GO郁轻、KEGG富集分析與enrichplot超全可視化攻略

本節(jié)概覽：1.獲取DEG結(jié)果的上下調(diào)差異基因2.bitr()函數(shù)轉(zhuǎn)化基因名為entrez ID3.利用clusterProfiler進(jìn)行KEGG...

5.1 嘿嘿嘿嘿哈 5 59

RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（五）：差異分析——DESeq2 edgeR limma的使用與比較

本節(jié)概覽：1.DESeq2、 edgeR竭沫、limma的使用2.三類差異分析軟件的結(jié)果比較——相關(guān)性燥翅、韋恩圖3.選取差異基因繪制火山圖和熱圖承接...

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RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（四）：差異分析前的準(zhǔn)備——數(shù)據(jù)檢查

本節(jié)概覽：數(shù)據(jù)預(yù)處理, 進(jìn)行樣本間具有可比性boxplot查看樣本的基因整體表達(dá)情況查看不同分組的聚類情況：樣本hclust 圖森书、距離熱圖、PC...

2.2 嘿嘿嘿嘿哈 3 22