34篇文章 · 27911字 · 13人關注
-
PLUMED系列-Trieste使用PLUMED分析軌跡
翻譯自:Trieste tutorial: Analyzing trajectories using PLUMED 目標 主要是熟悉PLUMED...
-
gromacs使用額外水模型
在我們MD中我們有時候很少進行水模型的選擇弟灼，很多時候我們對于不要求精確的體系使用spc水模型，對于相對要求精確的模型一般使用tip3p模型，對于...
-
Rosetta系列-FloppyTail構建蛋白柔性尾轉(zhuǎn)載請聯(lián)系，且保留鏈接 使用這個代碼需要蛋白具有長的柔性尾，在晶體結構中是缺失的务冕，生物化學證據(jù)表明已知結合伴侶上尾部的特定結合位點.該代碼旨在模...
-
Rosetta系列-PyRosetta安裝
PyRosetta是一個Python為基礎的Rosetta交互套件。其打開了用戶自定義的利用Rosetta采樣方法和能量函數(shù)進行自定義建模的方法...
-
利用GalaxyFill補全蛋白GalaxyFill是一個項目用來進行對蛋白的缺失結構進行補全幻赚。其功能我覺得非常強大禀忆，比如用來進行蛋白的延長，甚至進行融合蛋白的制作落恼。使用Gal...
-
Pymol核酸繪圖大家都知道chimera的核酸繪圖功能非常強大箩退，一般大家理解的pymol核酸繪圖功能就顯得薄弱了，但是今天在看pymol的cartoon的時候無...
-
Pymol渲染（Ray）筆記Ray ray將會創(chuàng)建一個現(xiàn)在的框架圖像的渲染（ray-traced）圖像佳谦。我們平常使用pymol的時候可能就是直接ray一下出圖戴涝，其實ray有...
-
利用OpenBabel生成多個構像
此文感謝建民兄的指導，才讓我學習到這么有用的工具 起因 有許多軟件例如Dock 6.8钻蔑，對于小分子的柔性對接支持并不那么好啥刻，這就導致了因為初始構...
-
shell腳本文件夾內(nèi)文件依次執(zhí)行
這個腳本非常簡單，個人覺得也很實用咪笑，對于初學linux或者bash的小伙伴們可帽，我覺得在很多地方可以解放我們的小手。寫的這個腳本是因為師弟師妹們有...
