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轉(zhuǎn)錄組入門（8）：差異基因結(jié)果注釋作業(yè)要求 我們統(tǒng)一選擇p<0.05而且abs(log2FC)大于1的基因為顯著差異表達基因集臭猜，對這個基因集用R包做KEGG/GO超幾何分布檢驗分...
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轉(zhuǎn)錄組入門（7）：差異基因分析
作業(yè)要求 這個步驟推薦在R里面做，載入表達矩陣夯巷，然后設(shè)置好分組信息嘁捷，統(tǒng)一用DEseq2進行差異分析，當然也可以走走edgeR或者limma的vo...
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轉(zhuǎn)錄組入門（6）：reads計數(shù)
作業(yè)要求 1.實現(xiàn)這個功能的軟件也很多手蝎，還是煩請大家先自己搜索幾個教程榕莺，入門請統(tǒng)一用htseq-count，對每個樣本都會輸出一個表達量文件棵介。2...
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轉(zhuǎn)錄組入門（5）：序列比對作業(yè)要求 比對軟件很多钉鸯，首先大家去收集一下，因為我們是帶大家入門邮辽，請統(tǒng)一用hisat2唠雕，并且搞懂它的用法贸营。直接去hisat2的主頁下載index...
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轉(zhuǎn)錄組入門（4）：了解參考基因組及基因注釋作業(yè)要求 在UCSC下載hg19參考基因組，群主博客有詳細說明岩睁，從gencode數(shù)據(jù)庫下載基因注釋文件钞脂，并且用IGV去查看你感興趣的基因的結(jié)構(gòu)，...
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轉(zhuǎn)錄組入門（3）：了解fastq測序數(shù)據(jù)作業(yè)要求 需要用安裝好的sratoolkit把sra文件轉(zhuǎn)換為fastq格式的測序文件捕儒，并且用fastqc軟件測試測序文件的質(zhì)量冰啃！作業(yè)，理解測序...
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轉(zhuǎn)錄組入門（2）：讀文章獲取測序數(shù)據(jù)作業(yè)要求 本系列課程學習的文章是：AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and ...
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轉(zhuǎn)錄組入門（1）：計算機及軟件安裝
作業(yè)要求 最好是有mac或者linux系統(tǒng)刘莹，8G+的內(nèi)存阎毅，500G的存儲即可。需要安裝的軟件包括 sratoolkit,fastqc,hisat...
