38篇文章 · 32866字 · 6人關注
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star: 比對RNA-seq到參考基因組獲取剪切事件
# 安裝 ## 編譯 ## 或者使用conda 上面從源碼編譯的方法太慢，或訪問github網絡不穩(wěn)定情況下肘迎，可以使用conda艺智； ## 檢查安...
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salmon：從RNA-seq數據中定量轉錄本
Salmon 主要用于從RNA-seq數據中計算轉錄本的豐度锡溯。 # 安裝 # 基于Salmon分析RNAseq數據 ## 獲取轉錄組和建立索引 ...
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ChIPpeakAnno 注釋peak# 1. 初步使用 運行下面幾行代碼习勤，初步了解ChIPpeakAnno使用 # 2. 詳細使用例子 ChIPpeakAnno使用GRanges ...
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GFF或GTF格式轉bed
# 1. gff2bed和gtf2bed[#1-%E8%BF%99%E6%98%AF%E4%B8%80%E7%BA%A7%E6%A0%87%E9...
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encode eclip 數據分析流程
# 準備： 測序數據：fastq格式；RBFOX2 HepG2測序數據 - RBFOX2[https://s3-us-west-1.amazon...
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pyBigWig處理bigwig
pyBigWig[https://github.com/deeptools/pyBigWig]是用C編寫的調用libBigWig庫的python...
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bw-python處理bigwig
bw-python[https://github.com/brentp/bw-python]是一個包裝了 Devon Ryan's bigwig...
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libBigWig處理bigwig
libBigWig[https://github.com/dpryan79/libBigWig]是一個用于讀取/解析bigWig和bigBed文...
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Cox模型的假設Cox比例風險模型做了數個假設敛腌。因此卧土，評估擬合的Cox回歸模型是否能充分描述數據是很重要的。 測試比例風險假設像樊。 檢查異常值尤莺。 檢測對數風險（l...
