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Short reads aligners-Thelearningnotesofthebiostarhandbook(8)map與alignment 新一代測序數(shù)據(jù)的處理過程中雕凹，map/alignment總是同時出現(xiàn)，那么二者的區(qū)別是什么呢撞羽？大致上可以這樣理解：ma...
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BLAST-The?learning?notes?of?the?biostar?handbook(7)Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) 個用來比對生物序列的一級結(jié)構(gòu)(如不同蛋白質(zhì)的氨基酸序列或不同...
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k-mers和序列比對The?learning?notes?of?the?biostar?handbook(6)k-mers k-mers是指將序列分為k個堿基的字符串，一般長短為m的序列可以分成m-k+1個k-mers。ATGCA的所有k-mer如下：2...
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常見的數(shù)據(jù)格式及數(shù)據(jù)庫The learning notes of the biostar handbook(4)常見的數(shù)據(jù)格式 genbank genbank是美國國立衛(wèi)生研究院維護的基因序列數(shù)據(jù)庫射众，匯集并注釋了所有公開的核酸以及蛋白質(zhì)序列。每個記錄代表了...
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基因本體論The learning notes of the biostar handbook(3)gene ontology 在早兩個月前晃财，按照班長的RNAseq教程叨橱，把整個流程模仿了一遍，最終得出很多差異表達的基因，可是這些基因（基因產(chǎn)物）...
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Linux常用的命令及初窺正則表達式--The learning notes of the biostar handbook(2)
Linux常用的命令 目錄操作命令 ls 顯示目錄文件 ls -al-a 顯示所有文件罗洗，包括.及..-l 詳細信息-d 顯示目錄本身的信息愉舔，而不...
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生物學基礎(chǔ)及環(huán)境準備--The learning notes of the biostar handbook(1)
萬事開頭難，從前都是碎片化的學習生信伙菜，一些基本的概念還是能粗略的理解轩缤，但知識始終無法結(jié)構(gòu)化，更別說在公開的場合寫下文字記錄自己的學習心得贩绕。這次在...
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遇見生信
第一次接觸到生物信息學可以追溯到讀研究生那會典奉。當時室友發(fā)表了一篇文章，大致內(nèi)容是從GEO下載正常男性與不育男性精子的芯片數(shù)據(jù)丧叽，然后通過BRB_a...
