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RNA-seq流程各階段軟件的最優(yōu)選擇RNA-seq如今已經(jīng)成了最受寵愛(ài)的生信分析了难菌，而如今琳瑯滿目的各種生信軟件擺在具有新時(shí)代選擇困難癥的同學(xué)們眼前我們又犯難了美莫。我們?cè)撨x擇哪套流程...
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CDS區(qū)與exon的關(guān)系CDS是編碼一段蛋白產(chǎn)物的序列谊路。 外顯子(expressed region)是真核生物的一部分赊锚，它在剪接(Splicing)后仍會(huì)被保存下來(lái)成箫，并...
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SNP對(duì)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合及基因表達(dá)的影響
單核苷酸多態(tài)性（SNP）是基因組DNA序列變異的主要形式格郁。但大多數(shù)的snp并不影響蛋白質(zhì)序列腹殿，這些SNP主要通過(guò)對(duì)基因表達(dá)調(diào)控來(lái)影響生物個(gè)體。研...
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非模式生物基因GO富集分析：以水稻為例
模式生物做什么都簡(jiǎn)單例书，非模式生物則很多缺少注釋锣尉，沒(méi)有注釋你就沒(méi)法做，只能是借助于各種軟件比如blastgo决采，自己跑電子注釋自沧。但今天要講的不是這種...
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用annovar對(duì)vcf（SNP&INDEL）文件進(jìn)行注釋
將原始fq文件通過(guò)FastQC-align-samtools||GATK等流程最終得到vcf文件，也就是記錄某些位點(diǎn)變異的文本文件树瞭。但只是通過(guò)看...
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從vcf文件提取exon中的snp和Indel
首先制作bed格式的文件包含基因組全部的外顯子區(qū)域坐標(biāo)如下： 從vcf文件中提取位于exon區(qū)域的變異位點(diǎn)
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對(duì)鏈特異性數(shù)據(jù)處理時(shí)應(yīng)該注意的參數(shù)設(shè)置參考：http://www.genek.tv/article/27