15篇文章 · 26323字 · 32人關(guān)注
-
biostar handbook(十)|如何進(jìn)行變異檢測什么是基因組變異 基因組變異是一個定義比較模糊的概念. 所謂的變異是相對于一個完美的“參考基因組”而言拂酣。但是其實(shí)完美的“參考基因組”并不存在，因...
-
biostar handbook|如何模擬NGS測序結(jié)果
如何用軟件模擬NGS數(shù)據(jù) 為了評價一個工具的性能比原，通常我們都需要先模擬一批數(shù)據(jù)插佛。這樣相當(dāng)于有了參考答案，才能檢查工具的實(shí)際表現(xiàn)情況量窘。因此對于我們...
-
biostarhandbook|你真的懂mRNA-seq數(shù)據(jù)分析了嘛?mRNA-seq是目前最常用的高通量測序技術(shù)雇寇，一般的用法就是看看基因表達(dá)譜，尋找差異表達(dá)的基因蚌铜。我和高通量測序數(shù)據(jù)分析結(jié)緣锨侯，也是因?yàn)镽NA-se...
-
biostar handbook(九)|SAM格式及其相關(guān)工具SAM格式介紹 SAM全稱是Sequence Alignment/Map, 是目前最常用的存放比對或聯(lián)配數(shù)據(jù)的格式。無論是重測序冬殃，還是轉(zhuǎn)錄組囚痴，還...
-
biostar handbook(八)|高通量數(shù)據(jù)分析初步：序列比對高通量短讀比對工具 在過去的十幾年里，隨著高通量測序(HTS)成本降低审葬，出現(xiàn)了各種測序概念, DNA-Seq, ChIP-Seq, RNA-Se...
-
biostar handbook(七)| BLASTBasic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tbl...
-
biostar handbook(六)| 序列聯(lián)配
序列聯(lián)配 序列聯(lián)配是生物信息學(xué)最基礎(chǔ)的概念深滚，因?yàn)榇蠖鄶?shù)數(shù)據(jù)分析分析策略都需要使用聯(lián)配得到的信息奕谭。 舉個簡單的例子，假設(shè)你手頭上有一些片段'THI...
-
biostar handbook(六)|正則表達(dá)式和K-mers在模式匹配中的使用模式匹配中的正則表達(dá)式和k-mer 模式匹配指的是在看似雜亂無章的系統(tǒng)中找到符合要求的部分痴荐。比如說你想從基因組中尋找motif血柳，轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)...
-
biostar handbook(五)|序列從何而來和質(zhì)量控制測序儀 2017年一篇發(fā)表在Nature的綜述"DNA sequencing at 40: past, present and future"介...
