變異檢測(cè)入門(mén)和進(jìn)階 - 文集

QTLseqr是一個(gè)用于BSA-seq的R包，它能夠讀取GATK輸出結(jié)果進(jìn)行過(guò)濾终吼，最終使用SNP-index和G 統(tǒng)計(jì)值的方法進(jìn)行定位。我們這次...

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接著上一篇留下的問(wèn)題帽衙，如何按照以1M為窗口伤哺，每次移動(dòng)10Kb計(jì)算均值。我們以KY131是"0/0", 而 "DN422" 是 "1/1"的位點(diǎn)...

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下游分析下游分析可能是比較成熟化的流程分析棒掠，對(duì)服務(wù)器的要求比較高一些孵构，下游分析則是對(duì)背景知識(shí)要求高一些，例如VCF的格式烟很，遺傳學(xué)的三大定律等颈墅。...

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BSA雖然不是我最早接觸的高通量數(shù)據(jù)分析項(xiàng)目（最早的是RNA-seq）棒假，但是卻是我最早獨(dú)立開(kāi)展的數(shù)據(jù)分析項(xiàng)目，我曾經(jīng)專(zhuān)門(mén)寫(xiě)過(guò)一篇文章介紹如何使...

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很久之前就聽(tīng)說(shuō)sentieon在跑calling variants的速度非尘眩快帽哑，能甩GATK 不知道多少條街，但是一直缺少一次機(jī)會(huì)去進(jìn)行測(cè)試叹俏。這...

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GATK官方提供了一個(gè)SNP過(guò)濾的標(biāo)準(zhǔn)妻枕，howto-apply-hard-filters-to-a-call-set,如果你按照它的要求來(lái)過(guò)濾簡(jiǎn)...

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原文地址: SNP Filtering Tutorial 接「博客翻譯」SNP過(guò)濾教程（一） FreeBayes輸出結(jié)果過(guò)濾下面的教程假設(shè)你的...

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原文地址: SNP Filtering Tutorial 感覺(jué)文章寫(xiě)的真棒，于是就翻譯了一遍目標(biāo) 學(xué)習(xí)如何使用VCFtools根據(jù)缺失信息粘驰，基...

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GATK的HaplotypeCaller 應(yīng)該是目前最常用的變異檢測(cè)軟件屡谐，尤其是在人類(lèi)基因組上。不過(guò)HaplotypeCaller的速度相對(duì)于其...

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