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轉(zhuǎn)錄組分析實(shí)戰(zhàn)附錄：Trinity 拼接結(jié)果質(zhì)量控制
在第二節(jié)中腊嗡，我們采用了Trinity工具做了轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的拼接举反，我一共是6個(gè)樣本6個(gè)G的數(shù)據(jù)量，在我那個(gè)設(shè)置下跑了接近30多個(gè)小時(shí)就完成了拼接工作...
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轉(zhuǎn)錄組分析實(shí)戰(zhàn)第七節(jié)：采用Trinotate對拼接結(jié)果進(jìn)行注釋
既然可以通過Trinity對所有的Reads進(jìn)行拼接后得到很多的轉(zhuǎn)錄本（Transcripts) , 因此很有必要對這些轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行注釋次洼。 注釋的...
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轉(zhuǎn)錄組分析實(shí)戰(zhàn)第五節(jié)：EdgeR對表達(dá)量矩陣進(jìn)行基因表達(dá)差異分析通過前期的基因定量敢伸，我們通過RSEM或者Kallisto這些工具得到了每個(gè)基因或者轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)量矩陣。輸出的矩陣包含了基因以及在各個(gè)樣本中的表達(dá)...
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轉(zhuǎn)錄組分析實(shí)戰(zhàn)第四節(jié)：轉(zhuǎn)錄組分析中的技術(shù)重復(fù)和生物學(xué)重復(fù)檢查前期的到的基因表達(dá)量矩陣喳魏，可以得到每個(gè)基因的表達(dá)量棉浸，然而由于我們在做實(shí)驗(yàn)過程中的重復(fù)（包括技術(shù)重復(fù)與生物學(xué)重復(fù)）理論上來講是可以保持表達(dá)量在重復(fù)...
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轉(zhuǎn)錄組分析實(shí)戰(zhàn)第三節(jié)： RESM對Trinity得到的轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行定量
前面三節(jié)，我們得到了Trinity拼接的Fasta 文件（Trinity.fasta)以及通過Bowtie2將Fastq中的Reads進(jìn)行回貼到...
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轉(zhuǎn)錄組分析實(shí)戰(zhàn)第二節(jié)：無參考基因轉(zhuǎn)錄組拼接
Trinity是廣泛應(yīng)用的不依賴基因組的轉(zhuǎn)錄組分析工具 我們在這一節(jié)中將采用Trinity在服務(wù)器端對第一節(jié)中獲得的cleandata進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組...
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轉(zhuǎn)錄組分析實(shí)戰(zhàn)第一節(jié)：Rawdata的質(zhì)量控制與清理在轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)拿到后刺彩，公司一般會給我們一個(gè)Rawdata和Cleandata 如果喜歡折騰的可以直接拿著Rawdata進(jìn)行一下數(shù)據(jù)清理后再進(jìn)行后期...
