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實驗記錄13: scanpy細胞分化軌跡推斷大型真香現(xiàn)場
與上次翻車實驗的不同： 過濾了更多的細胞和基因娶靡。在處理數(shù)據(jù)時牧牢，低質量的細胞一定要清除掉，告誡大家寧缺毋濫姿锭。塔鳍。。否則后續(xù)分析真的是一堆的噪點呻此。 跳...
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實驗記錄12: scanpy軌跡分析的大型翻車現(xiàn)場
3月29日 天氣晴 心情雷暴 Preprosessing the data Denoising the graph（will skip it n...
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實驗記錄11：scanpy對scRNA-seq數(shù)據(jù)的聚類分析R在讀取和處理數(shù)據(jù)的過程中會將所有的變量和占用都儲存在RAM當中轮纫，這樣一來，對于海量的單細胞RNA-seq數(shù)據(jù)（尤其是超過250k的細胞量）趾诗，即...
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[生信]單細胞測序數(shù)據(jù)分析的各類軟件匯總
Github上有人收錄了各類單細胞RNA測序的數(shù)據(jù)分析軟件蜡感，包括RNA-seq和ATAC-seq等蹬蚁。https://github.com/sea...
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實驗記錄5：.h5文件解析為.tsv和.mtx格式這篇主要針對Seurat包裝不上hdf5r包的bug而無法使用Read10X_h5這個函數(shù)的讀者。 在使用Seurat包讀取10Xgenomic...
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實驗記錄10: 用Monocle進行偽時間分析概要 本文主要討論Seurat對象導入到Monocle中直接進行分析的可行性郑兴，分兩種情況：①經(jīng)過數(shù)據(jù)清洗犀斋、標準化和聚類的Seurat對象導入②未...
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實驗記錄9：Monocle包的使用方法梗概 參照官網(wǎng)教程：http://cole-trapnell-lab.github.io/monocle-release/docs/#getti...
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實驗記錄8：用R包clues評價聚類結果
梗概 ①從不同的tSNE聚類結果中根據(jù)一個R包來評判哪個更優(yōu) https://cran.r-project.org/web/packages/c...
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實驗記錄7：脾臟-Seurat聚類參數(shù)修改梗概 根據(jù)實驗記錄3的結果，調整參數(shù)來查看是否有更優(yōu)的結果情连。方法一：修改PC的選擇方法二：提高resolution（分辨率） 方法一：修改PC的...
