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基因組重測序數(shù)據(jù)分析腳本
生成的文件說明： 1.~/Process/fastqc_result 用于存放質(zhì)量評估的結(jié)果2.~/Process/trim_out 用于存放過...
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基因組數(shù)據(jù)的重測序分析我通過查資料獲得已知達(dá)松維爾擬諾卡氏菌亞種（cardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei）的基因組原始...
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測序數(shù)據(jù)比對和變異檢測全基因組重測序是對已知基因組序列的物種進(jìn)行不同個體的基因組測序迟杂，并在此基礎(chǔ)上對個體或群體進(jìn)行差異性分析删铃。所以首先我們需要某個物種的全基因組序列和...
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基因組的重頭組裝1. de novo assembly De Bruijn 圖是目前二代測序序列最常用的拼接算法概荷，該算法將已經(jīng)非常短的reads再分割成更多個k...
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測序數(shù)據(jù)的獲取、格式轉(zhuǎn)換和質(zhì)控1. 獲取測序數(shù)據(jù) Aspera 軟件以最快速度傳輸全球數(shù)據(jù),不受文件大小搁宾、傳輸距離或網(wǎng)絡(luò)條件的影響折汞。 ubuntu下安裝Aspera軟件 下載...
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關(guān)于conda 更新時權(quán)限的問題今天在用conda配置python環(huán)境是提示更新conda的版本，更新命令如下 就被告知以下錯誤：PermissionError(13,'Per...
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fastqc 批處理文件當(dāng)我們獲取到許多的測序數(shù)據(jù)的fastq文件盖腿，我們?yōu)榱朔奖闼ㄟ^shell編程寫一個批處理腳本來對許多文件進(jìn)行質(zhì)控。1 首先在創(chuàng)建一個文件夾存放...
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簡介不同的文件格之Fasta格式
在瀏覽核酸蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的時候會經(jīng)常遇見不同的文件格式翩腐，常見的有Fasta格式文件鸟款、NBRF/PIR格式文件、 EMBL/SWISSPROT格式文...
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trna二級結(jié)構(gòu)預(yù)測? trna二級結(jié)構(gòu)的預(yù)測可使用RNA Structure的預(yù)測服務(wù)器 http://rna.urmc.rochester.edu/RNAs...