7篇文章 · 3329字 · 6人關(guān)注
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【GWAS】關(guān)聯(lián)分析中踩坑攻略
問題 全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）已經(jīng)是應用非常普遍的功能基因篩查方法了口叙。但是GWAS 分析仍不可避免的存在一些缺陷炼绘，其中最大的坑有以下幾點： ...
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一步一步學會撰寫SNP Calling 流程（二）3.1 DNASeq 數(shù)據(jù)分析SNP/Indel 策略 策略一： BWA + Samtools /Picard + GATK 1) BWA 比對...
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一步一步學會撰寫 SNP Calling 流程（一）
1. 概述 高通量測序原則上是測序深度越高越好，但是受制于測序費用妄田，我們就需要在地深度的測序數(shù)據(jù)中開辟一片最大利用率的分析策略俺亮。 分析流程我們主...
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全基因組關(guān)聯(lián)分析流程 ( 二 )
最佳線性無偏預測 (BLUP) BLUP (Best Linear Unbiased Prediction) 驮捍，在線性混合模型中可以用來評估隨機...
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全基因組關(guān)聯(lián)分析流程（三）拿到結(jié)果后，我們對結(jié)果進行展示脚曾，一般 GWAS 的標準結(jié)果圖為 曼哈頓圖 和 QQ 圖东且，作圖代碼如下： 數(shù)據(jù)示例入下： END
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玉米全基因關(guān)聯(lián)分析 ( GWAS Analysis Pipeline )全基因組關(guān)聯(lián)分析是基于數(shù)量性狀連鎖不平衡理論，通過表型與基因型關(guān)聯(lián)分析獲得影響表型性狀的顯著關(guān)聯(lián)標記本讥。 1. 軟件 Tassel / Gaipt...