本章節(jié)的主要內(nèi)容是如何使用探索性數(shù)據(jù)分析（EDA）檢測(cè)批次效應(yīng)寂曹，使用的示例數(shù)據(jù)依舊是基因表達(dá)數(shù)據(jù)。 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 從上圖中我們可以看到回右，男性女性的區(qū)...

batch effect（批次效應(yīng)） 在高通量研究中稀颁，常常被忽略的一個(gè)問題就是批次效應(yīng)，簡(jiǎn)單的說楣黍，批次效應(yīng)就是由實(shí)驗(yàn)條件匾灶、試劑批次和實(shí)驗(yàn)人員等等...

本文的題目是class prediction（分類預(yù)測(cè)），其實(shí)就是機(jī)器學(xué)習(xí)租漂，這兩個(gè)詞可以互相替代著使用阶女。而本章呢颊糜，其實(shí)就是對(duì)機(jī)器學(xué)習(xí)進(jìn)行一個(gè)簡(jiǎn)單...

smoothing是一種很有力的數(shù)據(jù)分析手段，通常應(yīng)用于評(píng)估分布特征未知但假定光滑的數(shù)據(jù)秃踩。一般的做法是先將具有相似期望值的數(shù)據(jù)點(diǎn)進(jìn)行分組衬鱼，然后計(jì)...

寫在前面的話 emmmmm，得有小半個(gè)月沒有寫學(xué)習(xí)筆記了憔杨，最近真是多事之秋鸟赫，先是我養(yǎng)的貓咪得了尿閉，后是我的姥爺去世消别，還有工資一直拖欠不發(fā)抛蚤。這其...

在PCA相關(guān)的章節(jié)最后，系列教程的作者又專門寫了一章“在R中運(yùn)行PCA和SVD”寻狂，使用的還是tissuesGeneExpression包中的基因...

這一章岁经，作者就是在數(shù)學(xué)原理方面又細(xì)講了下主成分分析（PCA） 例子：雙胞胎身高 作者首先使用雙胞胎身高的例子來說明與PCA非常相似的降維與旋轉(zhuǎn)是...

多維尺度分析（MDS） 在奇異值分解那一章節(jié)我們已將學(xué)過： 在此基礎(chǔ)上，我們?nèi)艏僭O(shè)的前兩列的平方和遠(yuǎn)遠(yuǎn)大于其余列的平方和蛇券，換句話說若是對(duì)角線上的...

前面的章節(jié)學(xué)的是降維缀壤、奇異值分解以及主成分分析的大致內(nèi)容，本篇文章則開始更加詳細(xì)的介紹這背后的數(shù)學(xué)原理纠亚，首先要學(xué)的就是投影（projection...