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TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)MAF文件的分析以及可視化（maftools包的使用）這兩天“王院長(zhǎng)”幫別人分析snv數(shù)據(jù)疯坤，順便給我推薦了一個(gè)R包：maftools报慕。我看了一下官網(wǎng)，感覺(jué)是個(gè)非常強(qiáng)大的R包压怠。那必須要學(xué)習(xí)起來(lái)~實(shí)際上...
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如何將WGCNA導(dǎo)出的基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行可視化（cytoscape軟件的使用）WGCNA分析過(guò)程中眠冈，你可以得到edge和node的文件，里面有你某一個(gè)module里所有基因相互之間的connectivity的weight值...
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TCGA甲基化數(shù)據(jù)質(zhì)量控制和差異分析（使用ChAMP包）參考文章：1.甲基化芯片入門(mén)學(xué)習(xí)-ChAMP包（二）2.TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的癌癥甲基化芯片數(shù)據(jù)重分析3.TCGA甲基化芯片數(shù)據(jù)質(zhì)控和過(guò)濾4.甲基化芯...
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TCGA甲基化數(shù)據(jù)下載以及相關(guān)臨床信息整理之前的文章里已經(jīng)按照教程進(jìn)行了TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的一些練習(xí)（RNA-seq菌瘫、芯片蜗顽、生存分析），現(xiàn)在學(xué)習(xí)TCGA甲基化數(shù)據(jù)的分析過(guò)程雨让。 參考文章：1....
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WGCNA學(xué)習(xí)筆記本篇代碼參考文章:1.生信菜鳥(niǎo)團(tuán)：一文學(xué)會(huì)WGCNA分析2.WGCNA（加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析）3.WGCNA分析雇盖，簡(jiǎn)單全面的最新教程4.WGC...
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如何生成WGCNA分析所需的臨床表型信息根據(jù)文章生信菜鳥(niǎo)團(tuán)：一文學(xué)會(huì)WGCNA分析所講： WGCNA輸入數(shù)據(jù)的準(zhǔn)備，主要有兩個(gè)數(shù)據(jù)需要提前準(zhǔn)備好：（１）是表達(dá)矩陣栖忠， 如果是芯片數(shù)據(jù)崔挖，常...
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如何把從TCGA下載的HTseq count轉(zhuǎn)換成FPKM如果你下載了TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)里的count數(shù)據(jù)，想把它轉(zhuǎn)換成FPKM應(yīng)該怎么做呢庵寞？參考文章：１．Htseq Count To Fpkm ２．【原創(chuàng)...
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整合gdc-client批量下載的文件在我前面寫(xiě)過(guò)的如何批量下載TCGA里的數(shù)據(jù)（gdc-client方法）文章里狸相，只涉及了如何批量下載TCGA數(shù)據(jù)，但是對(duì)于下載下來(lái)的那些文件沒(méi)有整...
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TCGA的差異基因分析在分析TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)里的RNA-seq數(shù)據(jù)之前捐川，先了解一下TCGA樣本的id名稱(chēng)里的小秘密：參考文章：TCGA的樣本id里藏著分組信息 根據(jù)文章...
