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Seurat中FindMarker尋找兩個(gè)cell type差異基因的若干方法加載示例數(shù)據(jù) 1.運(yùn)行Seurat 2.差異分析計(jì)算logFC值 其中：對(duì)象 cells cells包括兩種cell type的細(xì)胞barcod...
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Seurat各個(gè)對(duì)象指代內(nèi)容關(guān)于表達(dá)矩陣 其中逐沙， 表示的是raw counts衙吩，是cellranger或者其他計(jì)數(shù)軟件得到的原始count文件； 這一步得到的是經(jīng)過(guò)文庫(kù)標(biāo)準(zhǔn)...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組及空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)資源
(1). 單細(xì)胞上游軟件cellranger：?jiǎn)渭?xì)胞上游軟件cellranger從頭說(shuō)[http://www.reibang.com/p/9a...
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單細(xì)胞分析文獻(xiàn)分享《Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor》《Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor》[https://www.natur...
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《Tutorial: guidelines for the computational analysis of single-cell RNA sequencing data》單細(xì)胞流程這篇文獻(xiàn)是今年12月份發(fā)的，也就是一個(gè)星期前，是劉小樂(lè)教授推薦閱讀的 推特地址： 本篇文章講解了單細(xì)胞RNA-seq的一般分析流程配猫，當(dāng)然文中還推...
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從10X單細(xì)胞bam文件中提取某一個(gè)細(xì)胞類型的bam
我們之前簡(jiǎn)單做了一下cellranger的上游分析單細(xì)胞上游軟件cellranger從頭說(shuō)[http://www.reibang.com/p/...
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分享個(gè)單細(xì)胞配受體互作強(qiáng)度的計(jì)算方法
前言 這一塊涉及到細(xì)胞通訊的內(nèi)容，那么目前定義細(xì)胞通訊利用的是細(xì)胞配體膘掰，受體蛋白互作來(lái)定義的章姓，這里盜取一張示意圖（圖片來(lái)自百度） 聯(lián)想到單細(xì)胞數(shù)...
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單細(xì)胞RNA-seq去除批次效應(yīng)這是一篇2018年發(fā)表在NBT上的文章，講述的是兩套單細(xì)胞數(shù)據(jù)如何去除批次效應(yīng) 文章鏈接： 前言 由于不同的實(shí)驗(yàn)室识埋，以及各個(gè)技術(shù)人員手法不同，在...
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monocle 軌跡圖改顏色我們?cè)诓捎胢onocle做細(xì)胞擬時(shí)序分析的時(shí)候零渐，常常會(huì)不滿意于原圖的配色窒舟，而軟件自帶的配色是根據(jù)降維后分出的cell type進(jìn)行顏色的分類的 ...
