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2020-07-23 靶向捕獲測(cè)序數(shù)據(jù)分析記錄5
寫在前面：從7月16日開始到PICU輪轉(zhuǎn)，前天跟值了一個(gè)夜班，可能是新人比較旺的緣故诬辈，從中午就開始收病人，一直忙到凌晨3點(diǎn)多，昨天早上6點(diǎn)過就起...
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2020-07-17靶向捕獲測(cè)序數(shù)據(jù)分析記錄4
查看下后臺(tái)運(yùn)行的程序情況： 已經(jīng)成功轉(zhuǎn)換的bam文件有250個(gè)磕洪，其中231個(gè)已經(jīng)完成堿基質(zhì)量值矯正，下一步則是HaplotypeCaller诫龙，參...
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2020-07-16 靶向捕獲測(cè)序數(shù)據(jù)分析記錄3昨天一直在調(diào)試代碼析显，之前學(xué)習(xí)的時(shí)候只有一個(gè)樣本，運(yùn)行時(shí)間比較短赐稽，沒有遇到現(xiàn)在的問題叫榕，現(xiàn)在實(shí)際分析數(shù)據(jù)是有600多個(gè)樣本的，平均一個(gè)樣本25分鐘的...
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2020-07-14 靶向捕獲測(cè)序數(shù)據(jù)分析記錄2bam文件轉(zhuǎn)換參考基因組版本 之前的質(zhì)控結(jié)果提示有點(diǎn)問題姊舵，查找原因后發(fā)現(xiàn)晰绎，之前的bam文件是根據(jù)hg19參考基因組完成的，所以需要先進(jìn)行版本轉(zhuǎn)換...
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2020-07-13 靶向捕獲測(cè)序數(shù)據(jù)分析記錄1比對(duì)后bam文件質(zhì)控 使用之前搭建的WES分析小環(huán)境：只保留軟件及參考基因組數(shù)據(jù)注釋相關(guān)文件通過Filezilla上傳所有原始比對(duì)后的bam文件...
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生物信息學(xué)常見的數(shù)據(jù)下載括丁，包括基因組荞下，gtf，bed史飞，注釋
生物信息學(xué)常見的數(shù)據(jù)下載尖昏，包括基因組，gtf构资，bed抽诉，注釋
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2020-07-09 WGS數(shù)據(jù)分析處理流程
1.拿到數(shù)據(jù)后先檢查數(shù)據(jù)是否完整。用md5sum命令吐绵。 2.對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)檢迹淌。 3.與參考基因組進(jìn)行比對(duì)河绽。為什么要比對(duì)？我們已經(jīng)知道NGS測(cè)序下來...
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2020-07-05 samtools踩坑記錄
記錄一下學(xué)習(xí)samtools遇到的問題唉窃，我安裝后使用過程出了點(diǎn)問題耙饰，找到一個(gè)帖子http://www.reibang.com/p/d72ff8...
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2020-06-28 學(xué)習(xí)WES數(shù)據(jù)分析流程5
ANNOVAR 注釋軟件注釋過濾 其實(shí)之前也學(xué)習(xí)了點(diǎn)相關(guān)內(nèi)容外顯子數(shù)據(jù)處理筆記 3 ANNOVAR | 注釋但當(dāng)時(shí)沒有好用的服務(wù)器，很多操作都沒...
